除了在獄中的非刑以外，和廠衛互相表裏的一件惡政是廷杖，錦衣衛始自明太祖，東廠為明成祖所創設，廷杖卻是抄襲元朝的。
在元朝以前，君臣之間的距離還不十分懸絕，三公坐而論道，和皇帝是師友，宋朝雖然臣僚在殿廷無坐處，卻也還禮貌大臣，絕不加以非禮的行為，“士可殺不可辱”這一傳統的觀念，上下都能體會。蒙古人可不同，他們根本不了解士的地位，也不能用理論來裝飾殿廷的莊嚴。他們起自馬上，生活在馬上，政府中的臣僚也就是軍隊中的將校，一有過錯，拉下來打一頓，打完照舊辦事，不論是中央官還是地方官，在平時或是在戰時，臣僚挨打是家常便飯，甚至中書省的長官，也有在殿廷被杖的記載。明太祖繼元而起，雖然一力“複漢官之威儀”，摒棄胡俗胡化，對於杖責大臣一事，卻習慣地繼承下來。著名的例子：被杖死的如親侄大都督朱文正，工部尚書薛祥，永嘉侯朱亮祖父子，部曹被廷杖的如主事茹太素。從此殿陛行杖，習為祖製，正德十四年（1519年）以南巡廷杖舒芬等百四十六人，死者十一人，嘉靖三年（1523年）以大禮之爭廷杖豐熙等百三十四人，死者十六人。循至方麵大臣多斃杖下，幸而不死，犯公過的仍須到官辦事，犯私仇者再下詔獄處死。至於前期和後期廷杖之不同，是去衣和不去衣，沈德符說：“成化以前諸臣被杖者皆帶衣裹氈，不損膚膜，然猶內傷困臥，需數旬而後起，若去衣受笞，則始於逆瑾用事，名賢多死，今遂不改。”廷杖的情形，據艾穆所說，行刑的是錦衣官校，監刑的是司禮監：“司禮大璫數十輩捧駕帖來，首喝曰帶上犯人來，每一喝則千百人一大喊以應，聲震甸服，初喝跪下，宣駕帖杖吾二人，著實打八十棍，五棍一換，總之八十棍換十六人。喝著實打，喝打閣上棍，次第凡四十六聲，皆大喊應如前首喝時，喝閣上棍者閣棍在股上也。杖畢喝踩下去，校尉四人以布袱曳之而行。”天啟時萬璟被杖死的情形，樊良材撰《萬忠貞公傳》道：“初璟劾魏璫疏上，璫恚甚，矯旨廷杖一百，褫斥為民。彼一時也，緹騎甫出，群聚蜂擁，繞舍驟禽，飽恣拳棒，摘發捉肘，拖遝摧殘，曳至午門，已無完膚。迨行杖時逆檔領小豎數十輩奮袂而前，執金吾（錦衣衛指揮使）止之曰留人受杖，逆璫瞋目監視，倒杖張威，施辣手而甘心焉。杖已，血肉淋漓，奄奄待盡。”