廠衛之弊，是當時人抗議最集中的一個問題，但是毫無效果，並且愈演愈烈。著例如商輅《請革西廠疏》說：“近日伺察太繁，法令太急，刑網太密，官校提拿職官，事皆出於風聞，暮夜搜檢家財，初不見有駕帖，人心洶洶各懷疑畏。內外文武重臣，托之為股肱心膂者也，亦皆不安於位。有司庶府之官，資之以建立政事者也，舉皆不安於職，商賈不安於市，行旅不安於塗，士卒不安於伍，黎民不安於業。”在此情形下，任何人都有時時被捕的危險。反之，真是作惡多端的巨奸大憝，隻要能得到宮廷的諒解，便可置身法外。《明史·刑法誌》說：“英憲以後，欽恤之意微，偵伺之風熾，巨惡大憝，案如山積，而旨從中下，縱不之問。或本無死理，而片紙付詔獄，為禍尤烈。”明代二祖設立廠衛之本意，原在偵察不軌，尤其是注意官吏的行動。隆慶中刑科給事中舒化上疏隻憑表麵事理立論，恰中君主所忌，他說：“朝廷設立廠衛，所以捕盜防奸細，非以察百官也。駕馭百官乃天子之權，而奏劾諸司責在台諫，朝廷自有公論。今以暗訪之權歸諸廠衛，萬一人非正直，事出冤誣，是非顛倒，殃及善良，陛下何由知之。且朝廷既憑廠衛，廠衛必委之番役，此輩貪殘，何所不至！人心憂危，眾目睚眥，非盛世所宜有也。”至於苛擾平民，則更非宮廷所計及，楊漣劾魏忠賢二十四大罪疏中曾特別指出：“東廠原以察奸細，備非常，非擾平民也。自忠賢受事，雞犬不寧，而且直以快恩怨，行傾陷，片語違，則駕帖立下，造謀告密，日夜未已。”甚至在魏忠賢失敗以後，廠衛的權力仍不因之動搖，劉宗周上疏論其侵法司權限，譏為人主私刑，他說：“我國家設立三法司以治庶獄，視前代為獨詳，蓋曰刑部所不能決者，都察院得而決之，部院所不能平者，大理寺得而平之，其寓意至深遠。開國之初，高皇帝不廢重典以懲巨惡，於是有錦衣之獄。至東廠緝事，亦國初定都時偶一行之於大逆大奸，事出一時權宜，後日遂相沿而不複改，得與錦衣衛比周用事，致人主有私刑。自皇上禦極以後，此曹猶肆羅織之威，日以風聞事件上塵睿覽，輦轂之下，人人重足。”結果是：“自廠衛司譏訪而告奸之風熾，自詔獄及士紳而堂廉之等夷，自人人救過不給而欺罔之習轉盛，自事事仰承獨斷而諂諛之風日長，自三尺法不伸於司寇而犯者日眾。”