錦衣衛獄即世所稱詔獄，由北鎮撫司專領。北鎮撫司本來是錦衣衛指揮使的屬官，品秩極低，成化十四年（1478年）增鑄北司印信，一切刑獄不必關白本衛，連衛所行下的公事也可直接上請皇帝裁決，衛指揮使不敢幹預，因之權勢日重。外廷的三法司（刑部、大理寺、都察院）不敢與抗。
嘉靖二年（1523年），刑科給事中劉濟上言：“國家置三法司以理刑獄，其後乃有錦衣衛鎮撫司專理詔獄，緝訪於羅織之門，鍛煉於詔獄之手，裁決於內降之旨，而三法司幾於虛設矣。”其用刑之慘酷，非人類所能想象，沈德符記：“凡廠衛所廉謀反殺逆及強盜等重辟，始下錦衣之鎮撫司拷問，尋常止曰打著問，重者加好生二字，其最重大者則曰好生著實打著問，必用刑一套，凡十八種，無不試之。”用刑一套為全刑，曰械，曰鐐，曰棍，曰桚，曰夾棍，五毒備具，呼號聲沸然，血肉潰爛，宛轉求死不得。詔獄“室卑入地，牆厚數仞，即隔壁號呼，悄不聞聲，每市一物入內，必經數處檢查，飲食之屬十不能得一，又不得自舉火，雖嚴寒不過啖冷炙披冷衲而已。家人輩不但不得隨入，亦不許相麵。惟於拷問之期，得遙於堂下相見”。
天啟五年（1625年）遭黨禍被害顧大章所作《獄中雜記》裏說：“予入詔獄百日而奉旨暫發（刑）部者十日，有此十日之生，並前之百日皆生矣。何則，與家人相見，前之遙聞者皆親證也。”拿詔獄和刑部獄相比，竟有天堂地獄之別。瞿式耜在他的《陳時政急著疏》中也說：“往者魏崔之世，凡屬凶網，即煩緹騎，一屬緹騎，即下鎮撫，魂飛湯火，慘毒難言，苟得一送法司，便不啻天堂之樂矣。”被提者一入撫獄，便無申訴餘地，坐受榜掠。魏大中《自記年譜》：“十三日入都羈錦衣衛東司房，二十八日許顯純、崔應元奉旨嚴鞫，許既迎二魏（魏忠賢、魏廣微）意，構汪文言招辭而急斃之以滅口。對簿時遂齗齗如兩造之相質，一桚敲一百，穿梭一夾，敲五十板子，打四十棍，慘酷備至，而抗辯之語悉閟不得宣。”“六君子”被坐的罪名是受熊廷弼的賄賂，有的被刑自忖無生理，不得已承順，希望能轉刑部得生路，不料結果更壞，廠衛勒令追贓，“遂五日一比，慘毒更甚。比時累累跪階前，訶詬百出，**辱之，弛杻則受桚，弛桚則受夾，弛桚與夾則仍戴杻鐐以受棍，創痛未複，不再宿複加榜掠。後訊時皆不能跪起荷桎梏，平臥堂下”。終於由獄卒之手秘密處死，死者家人至不知其死法及死期，葦席裹屍出牢戶，蟲蛆腐體。六君子是楊漣、左光鬥、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章，都是當時的清流領袖，朝野表率，為魏忠賢所忌，天啟五年（1625年）相繼死於詔獄。