王敦在重兵的簇擁下進入石頭城，他不去拜見司馬睿，卻放縱士兵四處搶掠，把建康城弄得雞飛狗跳。
司馬睿脫下鎧甲，換上龍袍，他掃視了一下四周，說道：“想得到這個位置，何不早說！我自會回琅琊去，為什麽要讓百姓受苦？”他派使者對王敦說：“公若不忘本朝，就此罷兵，則天下還可以平安。如若不然，朕將回到琅琊，為賢人讓路。”
刁協和劉隗來麵見司馬睿。司馬睿拉著他們的手，放聲痛哭，讓二人趕緊逃走。刁協流著淚說：“我待在這裏保護皇上，不敢有別的心思。”司馬睿一擺手，催促他：“事情緊急，現在還走得了，再遲恐怕就來不及了！”
司馬睿給刁協、劉隗準備出行馬匹和隨員，讓他們自尋生路。刁協年齡大了，受不了馬上的顛簸，平日裏也缺少對部下的恩惠，大家都不願意和他一起走，走到江乘縣（今江蘇句容市北）的時候就被人殺死，首級送給了王敦，王敦允許刁家人為他收屍安葬。劉隗向北投奔了後趙，後官至太子太傅。
王敦勢大，無奈，司馬睿隻好攜百官到石頭城拜見，迎接王敦。
永昌元年（322），司馬睿大赦天下，任命王敦為丞相、都督中外諸軍事、錄尚書事、江州牧，封武昌郡公，食邑一萬戶。王敦假意推辭。
當年長安陷落，大家都勸司馬睿即帝位，隻有王敦圖謀控製朝政，怕已經四十出頭的司馬睿難以聽任擺布，想立個年幼的，但因為王導不同意，這才作罷。現在王敦攻入建康，見到王導，對他說道：“當年你不聽我的意見，現在差點使全族被滅。”
王敦剛起兵的時候，王導帶領在建康的一眾王家人到宮外請罪，尚書仆射周顗正巧路過要進宮去，王導衝他高喊道：“伯仁（周顗的字），我全家百十口的性命，托付給你了！”周顗頭也不回，徑直入宮。見到元帝司馬睿後，周顗倒是竭力向他申訴王導的忠心耿耿，勸司馬睿放王導等人一馬。周顗所說的和司馬睿的想法一致，司馬睿同意了。