王敦建議朝廷任命西陽王司馬羕為太宰——司馬羕是八王之亂中司馬亮的兒子，司馬亮兵敗後，因年幼被救走而幸免於難。之後又任命王導為尚書令，王廙為荊州刺史，還調換了不少朝廷官員和封疆大吏，把重要位置都換上與自己一黨的人，被降職、免職和調動的官員數以百計。
王敦認為京師不是久留之地，大本營武昌（今湖北鄂州市）才是最安全的，所以打算回武昌去。王敦的長史謝鯤（名士謝安的伯父）勸他道：“明公大義，保全了社稷，但您一直稱病不去朝拜聖上，沒有贏得民心。如果您去拜見聖上，君臣之間自然會消除嫌隙，天下人也就自然會順服於您了。”
王敦反問謝鯤道：“你能保證我上朝的時候不會發生什麽意外嗎？”
謝鯤回答：“我近日上朝，見聖上旁邊的位置空著，那是在等待著您啊，宮中也安靜平和，必然不會有什麽意外。您如果上朝，我來擔任您的侍衛。”
王敦聽了，勃然大怒，罵道：“像你這樣的人殺掉幾百個，對政局又有什麽損失！”意思是你說會做我的侍衛，可你死了不要緊，我的身份尊貴，你怎麽能比？
王敦最終也沒有入朝見駕，於永昌元年（322）四月率軍隊返回武昌。
之前王敦派南蠻校尉魏乂攻打湘州刺史譙王司馬承，四月十日，魏乂生擒司馬承。在把司馬承押運到武昌的途中，王廙按照王敦指令殺死了他。空出來的湘州刺史的位置，司馬睿本已下詔讓廣州刺史陶侃接任，但因為陶侃不屬於王敦的嫡係人馬，王敦要求皇帝撤回詔令，司馬睿隻好同意。
王敦對甘卓最開始答應和自己一起起兵，之後卻按兵不發，甚至和自己作對的反複之舉耿耿於懷，一直在尋找機會報複。甘卓的身邊人勸甘卓要多多提防，但他沒有聽進去，讓士兵卸甲從事農業生產。