升平元年（358）十一月，慕容儁把前燕的首府從薊城遷到了鄴城，並命人整修銅雀台。
吳王慕容垂的妻子段氏是段部鮮卑酋長段末柸的女兒，生下兒子慕容令、慕容寶。段氏出身名門，又富有才華，性格有點小孤傲，對現皇後可足渾愛答不理，可足渾皇後對此記恨在心。中常侍涅浩把這些都看在眼裏，找機會誣告段氏及慕容垂的典書令高弼使用巫蠱之術詛咒皇上和皇後，想借此牽連慕容垂。慕容儁命人把段氏和高弼分別送交大長秋、廷尉嚴刑審問，但段氏和高弼即便遭受酷刑也不肯屈招。
慕容垂眼看他們受刑卻無能為力，很是心痛。他買通看守官傳話給段氏道：“人總有一死，你何必忍受如此酷刑！不如按他們的意思招供。”段氏歎氣道：“我豈是怕死之人！隻是如果按他們說的簽字畫押，上會辱沒祖宗，下會連累大王，所以我不能做！”
段氏被生生打死，但她直到最後也沒有招供，慕容垂沒有因此受到牽連。
慕容儁調慕容垂任平州刺史，鎮守遼東。
段氏死後，慕容垂娶了段氏的妹妹作為王後。可足渾皇後命令他把小段氏廢掉，把她的妹妹長安君娶過門當王後，慕容垂滿心不高興，但也不得不接受。
升平三年（359）十二月十七日，慕容儁一病不起，他滿麵愁容，把擔任大司馬的太原王慕容恪叫到床前，說道：“我已病入膏肓，可太子慕容暐（wěi）年幼，隻有十歲。現在外有強敵，太子恐怕難堪重任，我想把位置傳給你，你有什麽看法？”
慕容恪趕忙回答道：“臣弟有自知之明，不敢亂了皇位繼承的正常秩序。”
慕容儁故作生氣地說：“你我兄弟，不用這麽虛偽！”
慕容恪頓時跪倒，說道：“陛下認為臣弟有擔負天下重任的能力，難道我還沒能力輔佐少主嗎？”