當初，錢塘人杜炅奉行五鬥米教，會一些法術，還能為人解除些許病痛，古代人迷信，有一些人就被蠱惑了，當時東晉上層士人和普通百姓都把他奉若神靈。
琅琊郡人孫泰是杜炅的學生，很得真傳，杜炅死了後，孫泰就成了教主，當時一些上層士人和百姓也都信奉他。左仆射王珣很厭惡孫泰，把他發配到了廣州，但廣州刺史王雅卻是五鬥米教的信徒，很迷信孫泰，又把孫泰介紹給了司馬曜，說他會法術，能使人延年益壽，甚至長生不老。司馬曜當然很高興，就把孫泰召回建康，後來又任命孫泰做了新安郡（今浙江淳安縣）太守。
孫泰有改朝換代的野心，他借討伐王恭的名義，召集民眾進行訓練，組建了武裝，讓信徒貢獻大量金銀財寶作為軍資，意圖不軌。當時三吳地區很多人都聽他的，竟真的讓他聚集起了不小的力量。會稽內史謝輶（yóu）向朝廷檢舉揭發孫泰的陰謀，朝廷大為震怒。
隆安二年（398）十二月二十二日，司馬道子讓和孫泰關係較好的司馬元顯把他騙到京師，然後就地誅殺，同時被殺死的還有孫泰的六個兒子。孫泰的侄子孫恩逃到東海的海島上，當時有些信徒認為孫泰並沒有死，而是成仙了，還把對孫泰的迷信轉移到了孫恩的身上，給他送吃送喝。孫恩糾集了一百多個亡命之徒，準備伺機複仇。
司馬道子整天喝得醉醺醺的，時間長了，就把身體喝垮了，他兒子司馬元顯知道朝臣們已經對司馬道子失去信心，借機讓朝廷免去了司馬道子的司徒、揚州刺史職務。隆安三年（399）四月十日，朝廷任命司馬元顯為揚州刺史。
司馬道子也有清醒的時候，他發現好幾天沒什麽大臣來給自己匯報工作了，感到納悶，明白原因後暴怒，但司馬元顯的翅膀已經硬了，他也無可奈何，隻好又摟著美女喝酒去了。