秦自變法以來，侵略所得的土地大抵都直隸君主，大的置郡，小的置縣，郡縣的長官都非世職，也無世祿。始皇沿著成例，每滅一國，便分置若幹郡，而秦變法以來新設的少數封區，自從嫪毐和呂不韋被誅之後也已完全消滅，既吞並了六國，秦遂成為一個純粹郡縣式的大帝國。在這帝國成立之初，丞相綰曾主張仿周朝的辦法於燕、齊、楚等僻遠的地方分封皇子，以便鎮懾，但他的提議給李斯打消了。於是始皇分全國為三十六郡，每郡置守，掌民政；置尉，掌兵事；置監禦史，掌監察。這種製度是仿效中央政府的。當時朝裏掌民政的最高官吏有丞相，掌兵事的最高官吏有太尉，掌監察的最高官吏有禦史大夫。
這三十六郡的名稱和地位各是什麽，是現今史家還沒有完全解決的問題。大概的說，秦在開國初的境域，北邊包括今遼寧的南部，還有河北、山西及綏遠、寧夏兩省的南部；西邊包括甘肅和四川兩省的大部分；南邊包括湖南、江西和福建；東以福建至遼東的海岸為界。從前臣服於燕的朝鮮，現在也成為秦的藩屬。此外，西北和西南邊外的蠻夷君長稱臣於秦的也有不少。我們試回想姬周帝國初建時，西則邦畿之外便是邊陲，南則巴蜀、吳、楚皆屬化外，沿海則有徐戎、淮夷、萊夷盤據，北則燕、晉已與戎狄雜處，而在這範圍裏，除了“邦畿千裏”外，至少分立了一百三十以上的小國。我們拿這種情形和三十六郡一統的嬴秦帝國比較，便知道過去八九百年間，諸夏民族地盤的擴張，和政治組織的進步了。嶧山的始皇紀功石刻裏說：
追念亂世，分土建邦，以開爭理。攻戰日作，流血於野。自泰古始，世無萬數，陁及五帝，莫能禁止。乃今皇帝，壹家天下，兵不複起。災害滅除，黔首康定，利澤長久。