此外，王陽明還上疏，要求嚴明賞罰以激勵人心。他在上疏中寫道：
所領兵眾，有退縮不用命者，許領兵官軍前以軍法從事。領兵官不用命者，許總統官軍前以軍法從事。所領兵眾，有對敵擒斬功次，或赴敵陣亡，從實具報，覆實奏聞，升賞如製。若生擒賊徒，問明即押赴市曹，斬之以徇，庶使人知警畏，亦可比於令典決不待時者。如此，則賞罰既明，人心激勵。盜起即得撲滅，糧餉可省，事功可建。
卷查三省賊盜，二三年前，總計不過三千有餘。今據各府州縣兵備守備等官所報，已將數萬，蓋已不啻十倍於前。臣嚐深求其故，尋諸官僚，訪諸父老，采諸道路，驗諸田野，皆以為盜賊之日滋，由於招撫之太濫。招撫之太濫，由於兵力之不足。兵力之不足，由於賞罰之不行。
另外，王陽明還請求朝廷授予他令旗令牌。他在上疏中說：
假臣等令旗令牌，便宜行事。如是而兵有不精，賊有不滅，臣等亦無以逃其死矣！
在上疏中，王陽明還建議劃南靖縣和漳浦縣的部分地區組成一個新的縣，將縣城設在大洋坡，並在縣內設立巡檢司，以便加強對這一地區的管理，永絕匪患。王陽明的知己兵部尚書王瓊同意了先生的所有建議，並上奏請明武宗為新縣命名。明武宗賜名為清平縣。
此外，朝廷還將王陽明的職務從巡撫改為提督，統領各省軍務，並授給他令旗和令牌，允許他便宜行事。朝廷念及他平定漳南之賊有功，將其俸祿加升一級。從此，王陽明更加注重鎮撫的策略，施展起謀略來更是得心應手。
王陽明在平定諸賊之後，覺得“河頭者，諸巢之咽喉。枋頭者，河頭之唇齒”，於是建議增設平和縣，將縣衙設在河頭，把原先設在河頭的巡檢司移到枋頭。
此外，王陽明還上疏請求疏通鹽法，調整南贛的商稅，加強教化。這樣一來，趨善的百姓越來越多。王陽明在剿匪的過程中，文德為先，武威為後的思想始終未曾改變過。