此外，王陽明還編纂了《朱子晚年定論》，他在序中說：
昔謫官龍場，居夷處困，動心忍性之餘，恍若有悟。證諸“六經”、“四子”，洞然無複可疑。獨於朱子之說，有相牴牾，恒疚於心。切疑朱子之賢，而豈其於此尚有未察？及官留都，複取朱子之書而檢求之。然後知其晚歲固已大悟舊說之非，痛悔極艾，至以為自誑誑人之罪，不可勝贖。世之所傳“集注”、“或問”之類，乃其中年未定之說，自咎以為舊本之誤，思改正而未及。而其諸語類之屬，又其門人挾勝心以附己見，固於朱子平日之
說猶有大相繆戾者。而世之學者，局於見聞，不過持循講習於此，其於悟後之論，概乎其未有聞。則亦何怪乎予言之不信，而朱子之心無以自暴於後世也乎？予既自幸說之不繆於朱子，又喜朱子之先得我心之同然，且慨夫世之學者，徒守朱子中年未定之說，而不複知求其晚歲既悟之論，競相呶呶，以亂正學，不自知其已入於異端，輒采錄而裒集之，私以示夫同誌。庶幾無疑於吾說，而聖學之明可冀矣。
從這段序中我們可以窺見王陽明編纂《朱子晚年定論》的良苦用心。此外，王陽明在給安之的書信中還說：
留都時，偶因饒舌，遂至多口，攻之者環四麵。取朱子晚年悔悟之說，集為定論，聊藉以解紛耳。門人輩近刻之雩都，初聞甚不喜，然士夫見之，乃往往遂有開發者，無意中得此一助，亦頗省頰舌之勞。近年篁墩諸公嚐有《道一》等編，見者先懷黨同伐異之念，故卒不能有入，反激而怒。今但取朱子之所自言者表章之，不加一辭，雖有褊心，將無所施其怒矣。有誌向者一出指示之。
據此也可以看出王陽明當時編纂《朱子晚年定論》的態度。
後來，明儒羅整庵大力批判《朱子晚年定論》，清儒陸隴其和陸世儀等也極力駁斥《朱子晚年定論》。然而，王陽明編纂《朱子晚年定論》隻是想刪除朱子學說中那些“主心”的內容，並沒有限定從多少歲開始是朱熹的中年，從多少歲開始是朱熹的晚年，所以用年、月時間的考證來責難王陽明隻是因為不了解先生的真意而已，所以我們在此也沒有必要一一予以辨明。