卓吾所說的道的本源是“太虛”。他認為，道即心之體，心原本是太虛。用《中庸》的話說，就是“無朕無象”的“未發之中”。假借程明道的話說，就是所謂“腔子裏”（《說書》卷8）。但是，心之太虛並不等於空虛，它就認同所謂“虛空尚且粉碎，本體原為虛空。故不知有虛空，始能言太虛”（同上書卷2）那樣的有無俱泯、語默兩忘的絕對之存在。據此，才能到達應物而無跡、周萬物而不滯的自在無礙之境。
不過，卓吾之說與任於圓通的說法是有區別的。他認為，太虛是活物，其自在並不僅僅是流動的順勢委身，在那裏有應時處位的法則，因而雖是變易的，但卻如同冬日著裘、夏日著葛那樣，必須是應時製宜之道。一言以蔽之，在那裏有天則之自然，隻是從變易的角度來看，便是權；從不易的角度來看，便是經（參見同上書卷9、卷4）。
卓吾之所以以這種“太虛”為“中”，是因為他不把“太虛”執於規矩和格式，而看作是超越此但又具有條理和規律的東西。他以“太虛”和“中”為活用的工夫，並對宋儒所謂的“敬”做了說明。他認為，所謂敬，即心中得主宰的工夫，亦即心在腔子裏的工夫，是生生之道，其中備有實理。所以說敬是成聖學之終始、安人安百姓的工夫。故卓吾主張用“敬”來處理萬事（參見同上書卷4）。然而，如果把“敬”真正當作使心之全部性命變活的工夫，那就必須承認無敬之敬和超越敬之敬。因此，卓吾在提倡“敬”時，也不忘引用蘇東坡所說的“打破敬字”之語（參見同上書卷1）。於是，他又提出了“至主敬”（同上書卷8）的觀點。由此也可看出卓吾思想是與宋學一脈相通的。他與宋儒不同的是，在他看來，這一心法是貫通於儒、道、佛三教的（參見同上書卷7）。