少墟認為，近世學術之所以多歧而議論不能統一，以致使“無善無惡”說大肆流行，而學術日趨不明，乃是因為對本體與工夫的辨析不夠清晰，而弄不清真正的“一體”說。於是，他便從下述三個方麵對本體與工夫的關係問題做了辨析，進而闡明了其“一體”之旨（參見《馮恭定全書》卷15，《答楊原忠運長》四）：
（一）就本體而論，所謂“天命之性”和“率性之道”，在聖人與眾人之間皆無區分；而就工夫而論，則兩者之間有深與淺、直截與迂曲之差別。
（二）就本體而論，人之生（性）皆為善，此性不假借於人為而當下即是，故聖人與眾人之間沒有區分；而就工夫而論，則工夫不僅為眾人當然之事，甚至連聖人也必須重視人為之功。
（三）本體中有寂感之別，工夫中有安勉之別，所以不能將二者混為一談。
如上所述，如果能知本體與工夫之別而從此體驗，那就能愈體驗而愈趨渾融，愈渾融而愈加體驗，這樣一來，工夫便能超越人為而與自然之本體合一。少墟把這稱作是聖人“盡性至命”之正學。
少墟之所以要努力辨明本體與工夫，是因為在他看來，如果隻專一於本體，就會產生陷空放肆（異端鄉願）之弊；如果隻專一於工夫，就會產生支離拘滯（俗學）之弊；如果誤以本體為工夫，就會隻論本體而不要工夫，結果會使本體陷於空虛，甚至產生隨任情欲之弊；如果誤以工夫為本體，就會忽略本體之透悟，結果會使工夫陷於支離拘滯之弊。所以他說：“若論工夫而不合本體，則泛然用功必失之支離纏繞；論本體而不用工夫，則懸空談體必失之捷徑猖狂。其於聖學終隔燕越矣。”（同上書卷15，《答楊原忠運長》四）在這裏，少墟論述了本體即工夫（即以本體為工夫的上達立場）與工夫即本體（即以工夫合於本體的下學立場）的差別（參見同上書卷15，《答黃武皋侍禦》），認為本體與工夫，隻有互為其根、相資為用，才能成為真本體、真工夫。他還引用聖賢之說，詳細論述了主意與工夫、悟與修、察識與體認、反觀與提醒不可分離的理由和標準。(8)