如前所述，在理與心、天理與神識上探求儒家與異端之別的清瀾，把僅僅在公私、義利上求區別的陸、王之論看作是未盡之說（參見《學蔀通辨·續編上》）。他認為，佛氏之所以以公理為空——把公理作為心之累即理障，從而陷於自私自利，是因為專任於神識而旨在養神（同上）。他把異端全都歸於“養神一路”，但並非不承認其作用有所區別。所以他說，老莊重長生、佛重出世、陸子重經世，三者本同末異，但歸根到底都是“養神一路”，而非基於天理之自然，於是陷入了私智安排（參見《學蔀通辨·後編下》）。
清瀾之所以對隻從自私自利方麵排斥異端的陸、王之說不滿意，是認為他們尚未論及作為源頭的佛氏的“養神一路”。所以，雖然陸子認為佛氏是“了此一身，皆無餘事”，而堅持儒家的賅備萬物，清瀾卻認為陸子此論並不足以使佛氏屈服（參見《學蔀通辨·後編上》），並且指責陸子自身也已誤入養神一路，陷於自私自利之弊。清瀾還認為，陸子所謂“自家主宰常精健，逐外工夫徒損傷”，無非是佛氏的自私自利之教（同上），並舉朱子致程正思書函中“持私意人欲而辨異端”一語，認為它是切中陸學一派之要害的（同上）。
那麽，他對王陽明怎樣看呢？
清瀾認為，陽明的“格致”之說大致與佛氏的“常惺惺”相似，隻是佛氏的心是自私自利之心，這與陽明所說的心有所不同，但又因陽明自認為得佛氏本來麵目，所以其心學又同樣屬於自私自利的“養神一路”（參見《學蔀通辨·後編下》）。
遵守朱子學的清瀾認為，掌握了朱子學，方能免於走上異端的“養神一路”(9)。
清瀾認為，朱子的立論在於主敬涵養的立本、讀書窮理的致知、身體力行的實踐，三者是齊頭並進的關係，若隻提倡其一，則無非是“因病施藥”。所以，如同朱陸同異論者那樣，清瀾把涵養之說看作朱子定論，並認為將主敬涵養附合涵養本意的陸學觀點，是厚誣朱子之論（《學蔀通辨提綱》）。所以，他強調了涵養與思索、居敬與窮理的並用，存心與致知的互發，知與行的相須，博與約的不偏不倚的重要性；認為據此才能免踏異學之轍。