重視以心性的統體血脈為宗的蕺山，並不滿足於陽明的以良知——對道德價值即善惡進行感知——為心體的思想。他主張以對善惡的好惡之心（即意）為心體，以誠意為學問立命之符。但實際上，這是啟陽明的“知行合一”說之微旨才得到的，這點他自己已有敘述。
陽明所說的“良知”，以陸子的心學為媒介而繼承發展了孟子的“良心”說。在陽明看來，隻有遵從“良知”，才能使學問有頭腦，從而除去朱子學亞流的弊病。按照蕺山的說法，陽明之“良知”能救學之支離，其中必有血脈（生命）之存在。這個血脈，其實並不在陽明所謂的“良知”中，而是存在於陽明揭示“知行合一”時所說“發動處有不善，就將這不善的念頭克倒了，須要徹根徹底，不使那一念不善潛伏在胸中，此是我立言宗旨”的立論宗旨中，並且認為：“如此說知行合一，真是絲絲見血。”由此可見，他是讚成陽明的真切之學的（參見《劉子全書遺編》卷13，《陽明先生傳信錄》三）。
在蕺山看來，陽明的“知行合一”說反而比“良知”說更有深意。他認為：“誠無為便是心隨人微處，良知即此發竅者，故謂之（誠）立天下之大本。看來良知猶是第二義也。”（同上書卷11，《陽明先生傳信錄》一）所以，他便以陽明所謂的“《大學》之說無非在誠意”為究竟之說，並認為陽明由於以“致良知”為宗，因而誤解了《大學》的本旨。
這樣一來，蕺山終至於以“誠意”為學之宗旨。他在給史子複的書函中說明了自己的動機（參見《劉子全書》卷19）。他基於陽明所說的“知之真切篤實處即是行”的思想，認為“真切篤實，非徒行字之合體，實即誠字之別名”，而把陽明的“行”作為更高層次的存在，力求把握以“行”為“知行合一”之主體的“誠”，並且認為，在誠中有工夫之主意，離工夫不能有主意，然無主意則工夫亦不能存立，甚至失去做工夫的手段，所以一定要以主意為要。他認為這就是《大學》所謂的“誠意”。以“誠”為陽明“知行合一”之主體的蕺山，基於陽明的好惡論，從而論證意是心之體，這大概是必然的。他認為，相對於善惡的意之好惡，是人心所固有的東西，是心理合一之性命體的呈露，是超越人力的東西。因此，他在證明意是心之體的同時，還指出了陽明從以知為良而不以意為良，即不以意為體而以知為體的思想中產生的種種矛盾，並對此進行了批判。他認為，總而言之，陽明在好惡說中，不僅敘述了存意處即是心之體那樣的觀點，而且還特意把“意”作為“發”即心之已發，從而使“誠意”成為善惡雜糅的東西而失去歸宿，並使“良知”成為意之奴，以至於失去良之所以為良的根基（參見《劉子全書遺編》卷13，《陽明先生傳信錄》三；《劉子全書》卷11，《學言中》；卷13，《學言下》；卷8，《良知說》）。(4)