甘泉認為，因為天理及其內在之性，不是被作為格式而固定存在的，也不是空虛的光景，而必須是作為實理或實性的真切存在，所以天理是種種自然現象的直接基因，是與作為生命實質的氣渾然一體的，如果以此氣為外，而求天理和性，那就不能不陷於釋氏的空疏之弊（同上書卷3，《新論》）。
在此基礎上，他對理氣（或者性氣、道器、天地之性和氣質之性）的一體合一關係作了論述，而反對將兩者分離對立的主張。由此出發，甘泉把理視為純粹嚴正、不因氣之混雜而遭汙染的東西，並把站在高遠嚴肅的理想立場之上強調理先氣後、理強氣弱的朱子理氣二元論及唯理論稱為“倒說糊塗”（同上書卷7，《答王德征易問》；卷2，《問疑續錄》），同時還批評了“一陰一陽氣也，所以一陰一陽者理也”的朱子理氣說，主張以一陰一陽為道，並把道作為陰陽中中正不偏的氣。
從這一立場出發，甘泉自然會把韓退（愈）的“性三品說”也當作不懂得“一”的學說而加以排斥（同上），即使對於周子《太極圖說》所謂的“動而生陽，靜而生陰”之論，也敢於戈矛相見，認為不如說“動而為陽”，“靜而為陰”（同上書卷7，《答王德征易問》）。這大概是認為在周子生成論的陰陽說中仍有二元論之傾向吧（參見《天關語通錄》）！此外，他甚至對所謂“理者，氣之條理；氣者，理之運用”的陽明之說也予以了駁斥，指出：“此卻看得是，如曰理氣為二。請於氣之外，更尋個理出來，而世儒猶不信。陽明二句近之，亦似稍分了。”（《天關精舍語錄》）從而進一步闡明了理氣之所以渾然一體的理由(3)（同上）。
甘泉說：“誌者，達聖之根基也”；“誌者，天理之根也”（《湛甘泉文集》卷22，《湛子約言·物我第十八》）。甚至還說：“立誌以帥氣，則凡血氣之欲皆化為義理矣。”（同上）在甘泉看來，立誌之要無非就是要重視氣之力。所謂“誌”，即天下至健之氣；備於心，即孟子所謂的“氣之帥”。因此，如果抑製了“誌”，那麽一切學問便成為“義襲”而失去了生命力（同上書卷7，《再答鄭進士啟範》）。