以渾一之天理為學之宗旨的甘泉，當然要以知行的渾一為要，以提倡知行的合一並進（即致知和存養、窮索和涵養的兼用），而認為知行先後內外之論，既非至極之道，亦非至當之學。所以，他不僅反對把《論語》的博與約視為先後工夫，而認為兩者是一致的（參見《雍語》；《天關語通錄》）；而且也斥責把《易》的敬與義分為內外的觀點，而指出兩者是合一的（參見《新泉問辨續錄》）。同時，他還批評了把程子的居敬與致知（涵養和進學）分而為二的做法，認為這是對程子的無知（參見《湛甘泉文集》卷7，《答太常博士陳惟浚》）。
因為知行本來就是合一的，所以知必為行之力，行必為知之實；知至行必至，行至知亦必至。這樣知行才能避免支離而渾然合一。然而，與其說甘泉在行的方麵與把重點放在篤行方麵的陽明有所不同，還不如說他在知的方麵有致力於真知的傾向。(10)所以他認為，在天理的知覺中有真知。這種思考方法與《中庸》的主旨正相契合。就是說，《中庸》不隻是徒然提倡聰明聖知，而是認為知是達於天德之要並以此為真的（參見《新泉問辨錄》）。從這一立場出發，甘泉認為，以知為行的陽明之“知行合一”論，有使人專任於知覺之一念而導致肆意妄念妄行的危險，故而批評陽明的“知行合一”說未免有病（參見《天關語通錄》）。
據此，甘泉說：“窮也者，極至之名，知至行至，窮其理焉，性盡而命至矣！其古人所謂格物乎！”（《雍語·虛實第十》）他還把這樣的知行關係譬喻為雞孵蛋，大意是說：雞蛋中有生成雛的機理，即靈的骨子。這是仁的種子，若不知道此種子，就不知道為什麽要孵蛋了。同樣的，即使知道了涵養（行）的必要，但若不知道涵養什麽東西，那也等於無用。甘泉認為，程明道所謂“先須識仁”的主旨正在於此，而佛氏就因為不知此主旨，以至於提出“理障”之說（參見《新泉問辨錄》）。