龍溪到後來雖被李卓吾當作三教宗師來敬仰，但事實上他或者勉強會同三教，或者排斥異端。
龍溪認為，討論三教，並不能隻論其“異”而不論其“同”。他是這樣闡述三教之異同的：“二氏之學與吾儒異，然與吾儒並傳而不廢，蓋亦有道在焉，均是心也。佛氏從父母**時提出，故曰‘父母未生前’，曰‘一絲不掛’，而其事曰‘明心見性’；道家從出胎時提出，故曰‘?地一聲，泰山失足’，‘一靈真性既立，而胎息已忘’，而其事曰‘修心煉性’；吾儒卻從孩提時提出，故曰‘孩提知愛知敬’，‘不學不慮’，曰‘大人不失其赤子之心’，而其事曰‘存心養性’。夫以未生時看心，是佛氏頓超還虛之學；以出胎時看心，是道家煉精氣神以求還虛之學。良知兩字範圍三教之宗。良知之凝聚為精，流行為氣，妙用為神，無三可住，良知即虛，無一可還，此所以為聖人之學。若以未生時兼不得出胎，以出胎時兼不得孩提。孩提舉其全，天地萬物，經綸參讚，舉而措之，而二氏之所拈出者未嚐不兼焉，皆未免於臆說。或強合而同，或排斥而異，皆非所以論於三教也。”（同上書卷7，《南遊會紀》）
他把陽明的“良知”二字視為“範圍三教之宗”，並且強調：“大抵我師良知兩字，萬劫不壞之元神，範圍三教大總持。”（同上書卷9，《與魏水州》）所以在龍溪看來，良知就是佛之覺、老之玄，隻是立意各有側重，才導致了三教的作用各自相異罷了（同上書卷10，《與李中溪》）。這實際上是認為，由於良知乃“範圍三教之宗”，因而若修得良知之學，便可兼得佛老之道。這大概可以說是三教歸儒的立場吧！