作為現成論者的海門，自然會以渾淪為宗而排斥分疏。例如，關於天人關係，他例舉程子所說的“天人無二”論，而非來個“天人合一”不可（參見《東越證學錄》卷9，《題一樂堂冊》）。所以他稱不從經綸而言立本者為虛，稱不知立本而言經綸者為粗，稱不通造化而言立本、經綸者為淺；即使對主張三者兼用者，他也認為應該把經綸、立本、造化三者當作是“一體異名”、“一時俱了”的關係（參見同上書卷1，《南都會語》）。至於悟和修的問題，以及頓、漸、圓的問題，他的看法也與上述主旨一致。
陽明以後，批評悟修偏廢的論調逐漸興盛。一般認為，隻有堅持悟必兼修、修必兼悟，才能使悟修皆真。但海門則以此為天下之病，認為上述立場歸根到底都是承認修外有悟、悟外有修，因而都可謂是“懸馳履錯”。在他看來，真悟不必言修，真修不必言悟。這實質上是認為“悟修之說者，方便之辭也”，而這正是海門所反對的固執於悟修而主張求真的做法（參見同上書卷7，《祁生壁語序》）。
明末盛行頓、漸、圓之說，海門將此譬喻為太陽之升空，認為“頓”就像太陽剛從東邊升起，天空即刻光明；“漸”就像太陽自東向西緩緩而行；而“圓”則像陽光普照那樣，“開眼一見便了……（而）太宗師隻令人開眼”。因此，他反對頓、漸、圓三者的分疏之論（參見同上書卷19，《與周叔宗》）。
以渾然之學為宗的海門，把心知當作渾淪之體，而強調自知自得、默識自得的重要性，這不是沒有理由的。如前所述，朱子解釋“心”時，認為心具眾理而應萬事。許敬庵則認為，心如太虛，雖無一物，卻有天下之本。海門認為，隻有此心才是學問大頭腦，還說這是孔顏之教，而所謂“聖”也不外乎是“心之精神”罷了（參見同上書卷2，《新安會語》《東粵會語》）。所以，他很體諒楊慈湖所揭示的以心之精神為聖的《孔叢子》之說的立場（參見同上書卷3，《武林會語》）。海門認為，朱子《大學或問》所說的“知即心之神明，眾理之妙而主宰萬物也”一語，由於主張知外無理、知外無事，故而提出知即心之神明的觀點。但這仍然顯示了以心知為渾然之體的思想。