但是，陸王心學和程朱理學對佛學都持尖銳批評的態度，而在對佛學的思想批判中，程朱理學和陸王心學的分歧又再次顯現出來。朱熹曾說：“釋氏說空，不是便不是，但空裏麵須有道理始得。若隻說道我是個空，而不知有個實的道理，卻做甚用！譬如一淵清水，清冷徹底，看來一如無水相似，他便道此淵隻是空的。不曾將手去探是冷溫，不知道有水在裏麵，釋氏之見正如此。”（《朱子語類》，卷百二十六）在這裏，朱熹指出，在佛家所見的“空”之中，其實有個“理”在。他又說：“儒者以理為不生不滅；釋氏以神、識為不生不滅。”（同上）按朱熹的意見，佛家以具體的世界為空，並不無道理，因為具體世界的一切都流動不居，因此都隻是暫時的。但世界還有理，它是永恒不變的。就這一點看，世界不是空。佛家不識得理的真實性，隻因理是抽象的；猶如有些人看不見池中的水，隻因為水沒有顏色。
王守仁也批評佛教，但批評的出發點不同。在《傳習錄》下卷裏，王守仁說：“仙家（指道士）說到‘虛’，聖人豈能（“豈能”意為“是否可以”）‘虛’上加得一毫‘實’？佛家說到‘無’，聖人豈能‘無’上加得一毫‘有’？但仙家說虛，從養生上來；佛家說無，從出離生死苦海上來。卻於本體上加卻這些子意思在，便不是它虛無的本色了，便於本體有障礙。聖人隻是還它良知的本色，更不著些子意思在。……天地萬物，俱在我良知的發用流行中，何嚐又有一物超於良知之外，能作得障礙？”（《全書》卷三）
他又說：“佛氏不著相，其實著了相（著相，意為“執著”）。吾儒著相，其實不著相。……（佛）都是為了君臣父子夫婦著了相，便須逃避。如吾儒，有個父子，還它以仁；有個君臣，還它以義；有個夫婦，還它以別。何嚐著父子君臣夫婦的相？”（同上）