太平天國革命時期，貴州、雲南的少數民族人民，曾經響應太平天國革命，掀起了許多次的反清起義鬥爭，其中以張秀眉領導的貴州苗民起義、杜文秀領導的雲南回族起義和李文學領導的哀牢山彝族人民起義為最大。
張秀眉，貴州台拱廳（今台江縣）人，出身於苗族的貧苦農民家庭。鹹豐五年（1855）領導當地苗族人民發動了反清起義，起義軍很快占領了凱裏、施秉、都勻、黃平等城市，起義勢力震撼了整個苗疆。在起義軍控製的範圍內，苗族人民把清政府在苗區建立的用以鎮壓苗民的堡壘，全部平毀，並且奪回了過去被苗、漢地主階級霸占去的土地，分給農民耕種。起義軍還和漢族白蓮教係統的“號軍”聯合，共同抵抗清軍。1860年太平軍石達開部從湖南進入貴州，苗民起義軍也配合作戰，圍攻貴陽，有力地打擊了清軍，使革命形勢得到空前的發展。
貴州苗民起義以後不久，1856年雲南各地的回族人民也舉行了大規模的反清運動。其中以杜文秀領導的一支起義軍最為強大，他們以大理為中心，活動於雲南西部。杜文秀在大理建立了元帥府，被推為兵馬大元帥，設立了文武官職，成立了與清政府相對抗的起義政權。大理政權在杜文秀領導下，實行了聯合漢族及其他各族的改善民族關係的政策，同時還進行了一係列恢複社會生產和減輕人民負擔的措施：如減輕賦稅、取消地方苛派、嚴格吏治軍紀、鼓動手工業和發展貿易等，因而博得滇西各族人民的支持。到同治六年（1867）杜文秀大舉東征昆明前，起義軍已占領了五十餘座城池，控製了雲南大半個省份。
差不多和杜文秀領導雲南回族起義同時，出身於彝族雇農的李文學，1856年5月在哀牢山區的天生營，率領彝漢各族人民起義。起義軍提出“鏟除贓官、殺絕莊主”的口號，表現了哀牢山彝漢各族農民反抗清朝封建統治的決心。起義群眾共推李文學為“彝家兵馬大元帥”，在密滴村設立了帥府，作為領導起義的中心。起義軍在李文學的領導下，同當地的封建勢力展開了堅決的鬥爭，實行了“庶民原耕莊主之田，悉歸庶民所有”的革命措施，改善了各族人民的生活，並有力地配合了雲南回族起義軍抗擊清軍，因而使革命勢力不斷擴大，到1868年起義軍已控製了哀牢山北部的廣大地區。