鴉片戰爭以後，清政府為了適應外國侵略者的需要，設立了“五口通商大臣”這個新職位，辦理對外交涉事務，先後由兩廣總督和兩江總督兼任。一直到1860年，清政府沒有設立和外國侵略者辦理外交和商務的專門機構。
1860年以後，中外反革命勢力為了共同鎮壓太平天國革命而勾結起來。外國侵略者派遣了公使、領事、傳教士到中國，加強了對清政府的控製，並且在清政府內部培養了奕等代理人。這時外國侵略者發現，還缺少一個更加得力的機構來貫徹它們的侵略意圖。
最會看洋人臉色辦事的恭親王奕，為了投合外國主子的心意，主動地奏準設立“專一其事”地辦理外交和通商事務的機構。1861年1月20日，總理各國事務衙門（簡稱總理衙門）成立。
總理衙門成立之初，隻管外交、商務，後來隨著外國侵略勢力的擴大，它的權力也一天天擴大，逐漸總攬了財政、軍事、教育、礦務、交通等方麵的大權，並且由奕等這樣顯要的滿洲貴族親自主持，實際上總理衙門已發展成為清政府的“內閣”。
總理衙門的經費幾乎完全靠洋人控製的海關供給，總理衙門的人員升官快、待遇高、地位突出。這種特殊現象，曾引起別的衙門的不滿。最後，連皇帝也不得不出來為總理衙門辯護解釋，皇帝的辯解很幹脆，他說：“總理衙門，辦理的都是外國事情，自然和別的衙門不同。”辦理外國事情的衙門就可以與眾不同，這種不同，恰恰表現了這個機構的半殖民地的性質。
清政府專門成立一個高級機構來處理與侵略者利益相關的問題，並且通過這個機構來滿足侵略者的要求和貫徹侵略者的意誌，這當然使外國侵略者稱心如意。英、法公使在聽到這個消息後，就“欣喜非常”，認為這是“數十年求之不得”的，他們大為讚賞奕想出來的聯合中外勢力的“最妙良法”。