居鄉守製的日子裏，王守仁依然不廢講學，後來鼎鼎大名的錢德洪、王畿都是他在這一時期納入門下的弟子。而他此時的思想建樹，最要緊的便是提出了“三教合一”的論題。
那是嘉靖二年（1523年）十一月，弟子張元衝請教一個很微妙的問題：“佛教、道教與我們儒家聖學隻有毫厘之差，三者對於修習性命之道皆有益處，但隻因佛教、道教在性命修習中摻雜了一點私意，所以毫厘之差致成千裏之謬。但我覺得佛、道兩家畢竟有益，不知道是否可以兼而取之呢？”
這其實是一個老問題了，梳理起來非要大費周章不可。簡言之，儒家與佛、道兩教原本天差地別，根本就不隻是毫厘之差。儒家旨歸是給社會開藥方，重建西周初年尊卑有序的禮儀製度；佛教誕生於六道輪回的印度傳統，教人找出輪回的原因，從而從輪回當中跳脫出來；道教或煉外丹，或煉內丹，總之是教人長生久視、羽化成仙。三者原本就是這樣風馬牛不相及的，結果混雜在同一片土壤上爭奇鬥豔，麵貌漸漸變得相似了。
一個很要緊的緣故是，三者都不得不偏離了自己的原始目標。
儒家理想的基石是周代宗法社會，自秦漢以後再也找不到合適的土壤；佛教教人跳脫輪回，而跳脫輪回的狀態究竟是生是死，是永恒還是寂滅，是神通廣大還是與世無涉，這一切全然無法說清，佛陀歸之於“十四無記”，懸置不論了事，這真不是有著深厚的現實主義傳統的中國人能夠接受的；道教倒很現實，教人服食成仙，就算成不了仙，至少也可以延年益壽。
所以從原初的情形看，佛教和道教與其說是宗教，不如說是技術。佛陀創設了一整套跳脫輪回的技術，佛經相當於技術手冊。道教的技術色彩更強，煉丹修仙總是難事。無論佛教徒還是道教徒，隻要根據技術手冊堅持用功，理論上說都可以達成各自的目的。技術的學習當然需要毅力，卻並不需要堅定的信仰，這正是佛教、道教絕不同於基督教之類西方意義上的宗教信仰的地方。基督教講究“因信稱義”，信究竟要信到怎樣的程度呢？早期神學家德爾圖良有一句名言，被後人凝練為“因為荒謬，所以相信”。如果事情非要合情合理才可相信，那就是理性的判斷，不是信仰了。