王守仁遭受的廷杖很有幾分曆史意義，因為廷杖製度就在這個時候出現了改革，王守仁成為這場改革的第一批受害者之一。
在此之前，挨廷杖的大臣並不需要脫褲子，這多少還算保存了幾分顏麵，但劉瑾到底意難平，向武宗進諫，現在天寒地凍，大臣們穿著厚厚的棉褲，廷杖起不到懲治效果。武宗對劉瑾言聽計從，自此以後，廷杖要脫了褲子再打，士大夫最後的一塊遮羞布終於沒有保住。
王守仁到底遭受了多少廷杖，史料有四十杖、五十杖兩種說法，無論哪種都是足以致命的。王守仁死而複蘇，劉瑾卻連養傷的時間也沒有給他，旋即將他貶到貴州，去做龍場驛的驛丞。比起王守仁上疏為之求情的那位戴銑，這個結局已經算是不壞了。戴銑挨不過廷杖，傷重而死，到嘉靖年間才獲得平反。
正德二年（1507年）的春天沒有春意，隻有肅殺的氣氛，廷杖和各式私刑持續了整整一個春天。三月，劉瑾矯詔將劉健、謝遷等五十三人定為奸黨，宣戒群臣，而各鎮守太監獲得了參與刑名政務的合法權力。到夏天是另一種荒唐景象：先是度僧道四萬人，接著恢複了寧王朱宸濠的護衛編製，吹過大明帝國的風裏已經嗅得出山雨欲來的氣息。
就在這一年的閏正月裏，王守仁帶著傷痛啟程離京。當初在他科舉落第的時候，多少人因著他父親的緣故登門慰問，而此時此刻，誰還敢和他沾上半點關係呢？能來送別的，必是錚錚鐵骨之人。當然，這樣的人從來不會太多，文獻可考者隻有湛若水、崔銑、汪俊三人。
崔銑，字子鍾，與湛若水有同科之誼，後來與同僚見劉瑾，隻有他一人長揖不拜，所以被排擠到南京去了。汪俊，字抑之，是弘治六年（1493年）的會元，後來也因為不肯依附劉瑾而被謫去南京。當初王守仁觀政工部，與李夢陽、何景明等人以詩文相往還的時候，汪俊也活躍在那個文學小群體裏。故雨新知，倒也都齊備了。