中國邊患，曆代來自北方和西北方，元朝以後，才有海上侵擾。原因在於中外各國航海工具較前代進步，國際間貿易關係益趨密切，自給自足的社會，開始感到部分的不能自給，必須依賴海外貿易，來補充缺乏。為排除進行貿易的障礙，勢必引起軍事上的衝突。在明朝，日本與中國衝突最劇烈，《明史》稱為倭寇之亂。
（一）因通商引起戰爭
忽必烈東征日本失敗後，日本禁止本國人與中國交通。可是私人經商依然進行。日本商船往來中國及朝鮮海岸，兼做海盜事業，大肆殺掠。日本南北朝時代（一三三三年—一三九二年）私商漸盛，等到南朝衰亡，南朝的遺民武士結合那些商人海盜，組成一個強大的力量，向大陸沿海侵擾。他們起先多在朝鮮海岸活動，後來轉入中國海麵，占據小島嶼居住。
方國珍、張士誠被朱元璋擊滅，一部分部屬亡命海外，勾結島人（居小島中倭人）進犯山東沿海州縣，並轉擾浙江、福建。朱元璋大造戰船，出海追捕，陸上，自山東至福建，依地勢築七十餘城，置衛所防守。由於明初社會內部暫時的安定，以及軍備的相當整飭，倭寇不敢深入為害。
朱元璋允許日本國王正式入貢（通商），設寧波市舶提舉司，管理貢務。日本出產硫黃（火藥原料）、蘇木（婦科用藥）、倭刀、倭扇、漆器，中國出產布帛，成為兩國必不可缺的交易品。明承曆代舊製，設市舶司管理國際通商，統製卻更加嚴密。朝廷想獨占貿易的全部利益，令外國用朝貢名義，定期帶來額定的貨物，由市舶司評價給銀錢或布帛。朱棣限日本十年進貢一次，每次貢船兩艘，朱瞻基許增貢船一艘。朱祁鈺時日本貢使帶私物十倍貢物，估價應給銀二十二萬七千兩，祁鈺隻給銀三萬四千七百兩。貢使力求增價，得補給錢一萬貫，又補給布帛一千五百匹。貢使怨怒回去。此後日本屢請增加貢船，明朝堅執貢船不得超過三艘，兩國合法商業受到頗大的阻礙。