朱翊鈞萬曆時代，明朝腐敗政治已經發展到最高點。朱翊鈞、朱由校、朱由檢三朝，統治階級內部發生大混亂，起初士大夫分邪、正兩派，互相攻擊，朱翊鈞概不理會，任令自勝自敗；後來朱由校重任大閹魏忠賢，邪派結成閹黨，正派大敗，慘被殺逐；最後朱由檢斥退閹黨，起用正人，閹黨改換麵目，用陰謀詐術，取得由檢的信任，正人全被排去，明朝也就滅亡。
（一）朱翊鈞時代邪、正兩派互鬥
明朝皇帝照例一二十年不見朝臣，一切政令，由司禮太監批朱，交內閣首輔擬票，次輔數人隻能共同商議，無權擬票，必須首輔退位，次輔才得依次遞補。凡內閣大學士，一定是老進士，他們周圍各有一群同年（同科考取的進士）、門生（本人考取的進士）、同鄉等關係的官員，希望首輔權位鞏固或次輔升充首輔。入閣資格，是六部尚書或品級相等的大官，經過廷推（朝臣共同推舉）的程序，皇帝選定其中一人，就算入閣拜相。同年、門生、同鄉在廷推中起著很大的作用，所以閣臣要酬謝他們，使他們升官致富。大學士多數是貪汙腐朽的老官僚，其中自然也偶有公正清廉人，這樣，擁護人中同年、門生、同鄉關係外，又加上邪、正的分類。邪派人數多，正派人數少，邪派政治上有地位，正派請議（輿論）上占優勢，兩派各立門戶，各擁徒屬，互相攻擊，主要目標是奪取內閣的大學士。
兩派互攻的題目，大致有下列幾個。
爭國本——朱翊鈞萬曆十年生子朱常洛，十四年生子朱常洵。常洛母王恭妃無寵，常洵母鄭貴妃謀奪常洛長子繼位權。內閣大學士申時行、王錫爵、王家屏請早立常洛為皇太子，朱翊鈞意在常洵，再三推延，不肯立常洛。一部分正派朝臣疑內閣順從朱翊鈞，不敢力爭，群起責難，大學士間又意見不一，王家屏讚助正派朝臣，被斥出閣，沈一貫（浙江寧波人）有才能，善於迎合朱翊鈞，得入內閣。一貫糾集浙江京官，號稱浙黨，與正派首領顧憲成等為敵。憲成革官回家（江蘇無錫縣），在東林書院講學，組成東林黨，對抗浙黨。當時皇帝、內閣、朝臣、浙黨、東林黨互相間大起紛擾，朱翊鈞想立常洵，朝臣公意想立常洛，內閣一派朝臣主緩爭，東林一派朝臣主急爭。主急爭一派自稱爭國本，主緩爭一派認為多事，有意壓抑，兩派怨仇愈結愈深，政見的爭鬥轉成私人意氣的爭鬥。二十九年，常洛封太子，常洵封福王，沈一貫出力不小，爭論應該解決了，可是東林黨主張促福王出京就藩國（河南洛陽縣），朱翊鈞不肯，紛擾又起。四十二年，福王就藩。四十三年，發生梃擊案，紛擾又起。常洛登位，發生移宮、紅丸兩案，並梃擊稱三案，爭論直到亡國才停止。