劉秀剛取得政權，就遭遇規模很大的農民起義。建武十五年，他下詔各州郡檢查田畝戶口數目及人民年齡。官吏借檢查名義，召集人民聚立田中，並搜查住宅村落，貧民受害不堪，至於攔路哭叫。官吏對豪強卻特別庇護，任其隱匿侵占。貧民冤屈過甚，被迫紛紛起義，攻劫豪強，殺戮官吏，郡縣派兵鎮壓，兵來民散，兵去民聚，郡縣束手無策。這次起義是全國性的，山東、河北形勢尤其嚴重。到底劉秀有計謀，他用度田（查田）不實的罪名，捕殺十幾個郡太守，和緩人民的義憤；又令群盜（起義人）互相告發，五人共斬一人，免罪；賞罰官吏按殺人多少作標準；起義首領免死，解送遠郡，給田地糧食，使安生業。他這“以盜攻盜”的分化政策，果然生效，起義軍不久解散了。
劉莊、劉炟、劉肇（劉肇開始敗壞）三帝，似乎政治比較寬平些，曆史上不見起義的記載，大概當時沒有大規模叛變。
從劉祜到劉宏七十二年，發生民變六十七次（實際不止此數）。南至交趾，北及幽燕，東抵琅邪，西迄涼州，幾乎沒有一片平靜地方。起義人數和區域，也急速發展。而且起義行動，與西漢末不同，一起事就殺官吏、燒城邑，首領自稱皇帝、天子、太上皇或無上將軍、平天將軍、柱天將軍。宗教色彩很濃，利用迷信組織民眾。這都說明東漢人民對統治階級怨仇比西漢更深，起義能力也比較有些進步。
人民不斷起義，能說是犯上作亂麽？當然不能。統治階級善於詐偽欺騙，像王符《潛夫論》所說：“凡今之人，言方行圓，口正心邪，行與言謬，心與口違（言行不符，口是心非），論古則知稱夷（伯夷）、齊（叔齊）、原（原憲）、顏（顏回），言今則必官爵職位。虛談則知以德義為賢，貢薦則必以閥閱（有權勢人家）為前。”被壓迫的人民，說假話騙誰呢？除了實行起義，總不會有其他生路。