洪秀全得了南京以後，我們更能看出他的真實心誌不在建設新國家或新社會，而在建設新朝代。他深居宮中，務求享受做皇帝的福，對於政事則不放在心上。宮廷的建築，宮女的征選，金銀的聚斂，官製宮製的規定，這些事情是太平天王所最注意的。他的宗教後來簡直變為瘋狂的迷信。李秀成向他報告國事的困難，他回答說：
朕奉上帝聖旨、天兄耶穌聖旨，下凡做天下萬國獨一真主，何懼之有？不用爾奏，政事不用爾理，爾欲出外去，欲在京，任由於爾。朕鐵桶江山，爾不扶，有人扶。爾說無兵，朕之天兵多過於水，何懼曾妖（國藩）者乎？
快要滅亡的時候，南京絕糧，洪秀全令人民飲露充饑，說露是天食。
這樣的領袖不但不能複興民族，且不能作為部下團結的中心。在鹹豐六年（1856），洪秀全的左右起了很大的內訌。東王楊秀清個人獨掌大權，其他各王都須受東王的節製。照太平天國的儀式，天王稱萬歲，東王稱九千歲，西王八千歲，餘遞減。別的王都須到東王府請安議事，並須跪呼千歲。在上奏天王的時候，東王立在陛下，其餘則跪在陛下，因此楊秀清就為其同輩所憤恨。同時天王也怕他要取而代之。鹹豐六年九月，北王韋昌輝設計誘殺了楊秀清和他的親屬黨羽。翼王石達開心懷不平，北王又把翼王家屬殺了。天王為聯絡翼王起見，下令殺北王，但翼王以後還是獨樹一幟，與天王脫離關係。經過此次的內訌，太平天國打倒清政府的希望完全消滅。以後洪秀全尚能抵抗八年，一則因為北方有大股撚匪做他的聲援，二則因為他得了兩個後起的良將——忠王李秀成和英王陳玉成。
在清政府方麵，等到別人都失敗了，然後重用曾國藩，任他為兩江總督，節製江、浙、皖、贛四省軍事。湖北巡撫胡林翼是與他誌同道合的，竭力與他合作。他的親弟曾國荃是個打硬仗的前線指揮。以後曾國藩舉薦他的門生李鴻章做江蘇巡撫，他的朋友左宗棠做浙江巡撫。長江的中遊和下遊都是他的勢力範圍，他於是得通盤籌劃。他對於洪秀全采取大包圍的戰略。同時英、美、法三國也給了曾、左、李三人不少的幫助。同治三年（1864），湘軍在曾國荃領導之下打進南京，洪秀全自殺，太平天國就此亡了。