後來，倪光南離開了聯想，在倪光南的心中，他有著為中國造芯的夢。
1999年，畢業於哈工大，曾在日立公司擔任芯片設計總監的加拿大籍華人李德磊創辦了方舟科技，李德磊帶著一支做CPU的完整技術隊伍找到了倪光南，希望可以與他合作，雙方一拍即合。
倪光南用自己能調動的所有資源來幫方舟科技，他找錢、找他能找到的一切。倪光南完全拋掉了個人的利益，在方舟科技沒有要任何的股份，就為了能實現自己的一個夢，一個讓中國電子工業強大起來的夢。
功夫不負有心人，2001年，“方舟一號”橫空出世，從此改變了中國無“芯”的曆史。
“方舟一號”不是英特爾X86那樣的通用高性能芯片，而是一款嵌入式芯片。倪光南認為，跟在英特爾屁股後麵做通用芯片肯定競爭不過。X86體係的技術難度還是其次，最關鍵的因素是在這條道路上早已被專利層層布局，追趕者每走一步，都會遇到英特爾布下的專利“地雷陣”，英特爾的知識產權部門早已嚴陣以待，準備用專利官司拖垮後來者。華為在後來的研發道路上，就遭遇了國外巨頭猛烈的專利阻擊戰，差點兒被活活拖死。
但是，如果另辟蹊徑，做成瘦客戶機的“雲+端”解決方案，則有可能繞開這些專利陷阱，從而取代Wintel架構。倪光南認為這或許就是一個推動中國產業起跑的契機。
這種“雲+端”的方案，正是如今如火如荼的雲計算的原型。
然而，看似夢幻的開局，卻沒有迎來美好的結局。當他們拿著自己做出來的芯片，跑遍中國去找合作商時才發現，此時，在中國竟然沒有一家公司有能力基於一塊CPU開發產品原型。
他們本以為這是獻給國家最好的禮物，不承想卻沒有一家能接受這份“饋贈”的企業。迫不得已，他們又組建了自己的硬件團隊，自己做產品原型，原型做完卻又發現沒有配套的軟件可用……