國務卿以外，各部總長也略有變動，教育總長改任湯化龍，交通總長改任梁敦彥，其餘各部照舊。大家俯首聽命，毫無異言。袁總統又特下一道命令：
按照約法之規定，將現行法令匯案分別修正，呈候本大總統核辦。在未經修正公布以前，凡關於呈報國務總理等字樣，均應改為呈報大總統；關於各部總長會同國務總理呈請字樣，均應改為由各部總長呈請；關於應以國務院令施行事件，均改為以大總統教令施行。餘仍照舊辦理。此令。
從此令看來，大總統已擁有無上權力，差不多與皇帝一樣。就是特任的國務卿也是無權無柄，隻好服從總統，做一個政事堂的贅瘤。總統發令，他隻需副署就好。之後的一切製度銳意變更，條例雜頒。其中最引人注目的法令，除新約法中規定的審計院、參政院外，還有省官製、道官製、縣官製，每省原有的民政長改稱巡按使。道區域由政府劃定，每道設一道尹，隸屬巡按使，所有從前的觀察使，一律改名；縣置知事，作為一縣行政長官，隸屬道尹。且各縣訴訟第一審無論民事、刑事，均歸縣知事審理，取消原來的司法獨立。各省都督也一概改名，稱為將軍。文官官製又分作九等：上卿、中卿、少卿、上大夫、中大夫、少大夫、上士、中士、少士。其他各部官製也酌加修正，並將順天府府尹改稱京兆尹。所有大總統公文程式、政事堂公文程式及各官署公文程式，全部改訂，並取消國家稅及地方稅的名目。
五月二十六日，參政院成立，停止政治會議，特任命黎元洪為院長，汪大燮為副院長。參政人員約有七八十人，一大半是前朝耆舊，一小半是當代名流。袁總統又援照新約法，命令參政院代行立法權。黎元洪明知此事違背共和，不應充當院長，但身入籠中行動不便，隻好勉強擔了這個虛名。他敷衍度日，院中也不願進去，萬不得已去一回，也是裝聾作啞，好像一尊泥塑菩薩，靜坐幾小時後便出院回寓所去了。袁總統不管是非，任情變法，今天修改這件，明天修改那件，頭頭是道，毫無阻礙。