一九一二年一月三日，黎元洪當選為民國副總統。隨後，孫中山開始著手組織內閣。仿效美國的內閣形式，不設總理，分設九部，每部設總長一人，次長一人。由孫總統提出德高望重的人選，然後由代表團投票表決，得多數票者，由總統委任。參議院作為中華民國的立法機關，由各省代表組成，每省選出三人，公議法律。
內閣和參議院一經成立，立即針對民國麵臨的最緊要問題頒布了一係列政策。第一項是外交，由臨時大總統谘照各國，凡革命以前清政府所欠外債，民國承認並償還；從前中外約款，仍然履行；保護各國僑民的利益；宗教信仰自由。對此，外國人非常滿意。第二項是內治，下剪辮令，改拜跪禮，從前那些大人、老爺的稱呼一律革除，實行共和製度，撤銷階級。所有大小私塾，改名學校，各種教科書由各書局及各校教員酌量編輯。
至於中華民國的刑法，雖已設司法部，但因時間倉促還沒來得及編製，而且軍務未竣，暫行軍律，由陸軍總長黃興頒布臨時軍律十二條。凡任意擄掠、強奸婦女、焚殺平民以及不遵守長官命令，擅封民房財產、硬奪良民財物等五項為罪大惡極，犯即槍斃。此外一切政策，由各部總長頒布意見，逐漸推行。
隻是清政府依然兀立北京；直隸、河南尚未獨立；山東舊巡撫孫寶琦，忽附和革命軍，忽服從清室，簡直就是個兩麵派；還有遼東三省，也是首鼠兩端；新疆、內外蒙古、青海和西藏這四個地區，路途遙遠，消息不通；就是一早光複的山西、陝西兩省也常被清軍襲擊，請求支援的電報頻頻送達南京政府。臨時大總統孫中山和他的九部閣員，不得不緊急商議統一的辦法。
此時，清議和代表唐紹儀與革命軍代表伍廷芳，已會晤了好幾次。伍代表先提出議和大綱，約有四條：一是廢除清政府；二是建立共和政府；三是優給清帝歲俸；四是滿人除在新政府效力外，凡年老窮苦的人均優給贍養。唐代表當然不同意，他受清廷的命令南下議和，就是有誌共和，但一時也不能推倒清朝，因此主張君主立憲。伍代表自然也不答應。幾個來回下來，最終決定立即召開國會，將君主、民主問題付諸公決，並由雙方簽字。至於國會召開的辦法和各省選派代表的人數，雙方經過協商後都達成了一致意見。但開會地點各持己見，伍主張上海，唐主張北京，最後唐發電請袁總理定奪。