陳炯明的部隊自從退出廣州後，除了謝文炳一師在北江外，其餘人馬都在惠州。一直以來，北方的反直派都極其希望孫中山和陳炯明能和平解決戰事，合力反抗直係。因此，吳光新等人紛紛在廣州、惠州兩地活動，勸孫中山、陳炯明言歸於好，共同北伐。誰知陳氏乘孫軍不備，襲取博羅，進窺石龍，甚至動員海軍反對孫中山。海軍總司令溫樹德之前曾附和過陳炯明，現在雖然聽命於孫中山，但心中極為不安，一經陳炯明慫恿，他便同意反孫，來個裏應外合。孫中山得知後，極為震怒，立刻下令免去溫樹德海軍總司令職務，命各炮台加緊戒備，並改換各艦長，由大元帥直接指揮。因此，陳炯明的逆謀失敗了。
孫中山把廣州的事情布置妥當後，立即命各軍向惠州進攻。而許崇智在潮州、汕頭一帶被林虎打敗，退至揭陽，此時並不在圍攻惠州的各軍之列。駐守惠州的楊坤如雖然屢次戰敗，卻不肯放棄，一味死守，因此孫軍一直未能攻下。孫中山見狀，與眾將商議道：“李烈鈞收編的兩旅現在又被林虎收編，敵軍的力量更加強大，好在廈門臧致平已聯絡許崇智總司令的留閩餘部和閩南自治軍，準備攻下潮州、汕頭，現在已攻克饒平、黃岡，如能攻克潮、汕，消滅林虎、洪兆麟等人的勢力，然後以其全力來攻打惠州後方，則惠州腹背受敵，我軍必然勝利。所以我們此時還是以攻為守，靜等攻克潮、汕之後，再猛攻也不遲。”計劃雖然這麽定了，但滇軍內部各派卻因競爭總司令一職，竟有私下溝通北方的情形，嫌疑最重的是師長楊如軒、楊池生兩人。楊希閔不等他們謀逆，便下令驅逐。楊如軒、楊池生立不住腳，便帶領殘部前往江西去了。
孫中山下令廢除滇軍總司令一職，將所有滇軍改編為四軍，分別任命楊希閔、範石生、蔣光亮、朱培德四人為一、二、三、四軍長，這件事才算解決。隻靜候臧致平和許崇智攻克潮、汕，以便夾攻惠州。不料林虎、洪兆麟向饒平反攻，臧軍被擊退。林虎占了饒平，又向平和進攻。臧致平一麵派兵堅守平和、詔安、雲霄一帶，一麵要兼顧北邊王永泉部的南下，一麵還要防備海軍杜錫珪、楊樹莊等的襲擊。由於被四麵夾攻，分身無術，臧致平連失平和、雲霄、詔安，漳州也有些吃緊。臧致平正想派兵堵截，忽然聽說海軍陸戰隊已在金門登陸，艦隊已入嵩嶼，廈門吃緊，不覺大驚道：“廈門是我的根據地，如果被海軍占領，那麽此後餉械都無所出。我軍雖不致被攻擊，卻也不能在福建立足了，我一定要前去保衛，寧失十個漳州，也不能失一個廈門！”當下帶領漳州的軍隊來救廈門，並派代表假意與海軍議和。