建文帝即位後，下詔令各地的藩王無須來京。於是諸王都派使節前去朝賀，隻有燕王朱棣星夜兼程南下。快到淮安的時候，兵部尚書齊泰得到消息，稟報了建文帝。建文帝派使臣前去阻攔，燕王怏怏不快而回。
起先，太祖在世時，因為建文帝頭長得有點偏，性格又過於柔弱，擔心他不能擔負重任，有過另立儲君的念頭。一天，太祖令朱允炆詠月，他在結尾寫道：“雖然隱落江湖裏，也有清光照九州。”太祖看了，心裏非常不高興。後來又讓他對詩。太祖出上聯：“風吹馬尾千條線。”建文帝說：“雨打羊毛一片羶。”太祖聽了，臉色大變。當時燕王就上前對道：“日照龍鱗萬點金。”太祖不禁叫絕：“好對！”從此太祖更加喜愛燕王，不想立建文帝為儲君。偏偏學士劉三吾一再請求冊立太孫，這才勉強答應。
建文帝雖是個優柔寡斷的人，但對各地藩王卻也有所顧忌。即位以後，親信的大臣第一個是齊泰，第二個是侍讀黃子澄。一天晚上，建文帝忽然召黃子澄入內，問他道：“先生還記得東角門的談話嗎？”黃子澄應聲說道：“臣不敢忘。”建文帝馬上封黃子澄為太常侍卿，參領國事。原來在建文帝還是太孫的時候，曾坐在東角門問黃子澄：“各位皇叔擁兵自固，假如有什麽變端，應該如何對付？”黃子澄說沒有關係，且列舉了漢景帝平七國的故例，建文帝這才高興起來。這次與黃子澄提到這些，無非是讓他在一旁輔佐，監製外藩。後來，戶部侍郎卓敬遞上一封密奏：“燕王智慮過人，酷似先帝。現在鎮撫北平，兵強馬壯，萬一有什麽變化，會很難控製，應該將他封到南昌。”建文帝看完之後，將卓敬召入殿中，和他說：“燕王與朕是骨肉至親，應該不會有什麽變端。”卓敬叩頭提醒：“陛下難道沒聽說過隋文帝楊廣的事嗎？父子之間都會謀逆，何況叔侄？”建文帝不等他說完，就搖頭擺手：“你不要說了！讓朕仔細想想。”這話傳了出去，頓時流言四起，都說新主有削藩的意思。