明萬曆年間，泰寧衛的酋長炒花屢次侵略遼東，雙方互有死傷。炒花是巴速亥的堂弟，巴速亥被李成梁殺死後，他的兒子巴土兒與炒花想起舊怨，於是屢次前來侵略，先後被李成梁擊退。李成梁卸職後，總兵董一元接替了他的職務，巴土兒、炒花等人糾集土默特部，大舉入犯。董一元在鎮武堡設下埋伏，用老弱殘兵誘敵深入，大破敵軍。巴土兒中了暗箭，負傷而逃，沒過多久便死了。炒花心有不甘，就唆使青海酋長火落赤、永邵卜等人相繼侵擾。甘肅參將達雲偷偷繞到敵人背後，殺得敵兵十個裏麵死了八九個，被當時的人稱為戰功第一。朝廷升任達雲為總兵官，從此鎮守西陲，敵寇不敢再進犯。
後來，遼東總兵董一元調赴朝鮮，神宗特任李如鬆繼任。李如鬆率輕騎出塞，正碰上土默特部眾前來侵擾。李如鬆迎頭痛剿，接著乘勝進逼，想要搗入敵人的巢穴。誰知番兵竟然從四麵八方前來支援土默特，李如鬆被困在中間，因孤掌難鳴，糧盡援絕，活活戰死在沙場。神宗命李如梅接任，李如梅擔心重蹈覆轍，不敢輕易進兵，被人以擁兵畏敵的罪名參劾，不久被罷官。後又任命七十六歲高齡的李成梁鎮守遼東。李成梁素有威名，上任以後，與番人停戰，互通往來。在他鎮守的八年裏，遼東還算安定。
日本侵略朝鮮的時候，播州宣慰使楊應龍上疏，表示願意率領五千人征討倭人。誰知楊應龍剛剛起程，就傳來倭人議和的消息，楊應龍隻好滿心不快地返了回來。這楊應龍並非有心報主。他的祖宗叫做楊端，曾在唐乾符年間占據播州，後來向中原稱臣。洪武初年，他的子孫又派使臣納貢，爵位一直傳到楊應龍。楊應龍從征蠻夷，恃寵而驕。貴州巡撫葉夢熊以及巡按陳效，曾經多次奏稱楊應龍凶狠狡詐的罪狀，大明朝廷因為邊境多事，沒有來得及查問。這下子，楊應龍更是肆無忌憚。他所居住的府第中裝飾著很多龍鳳圖案，還擅自用了幾個太監。他有個小老婆叫做田雌鳳，深得寵愛，並與正室張氏不和。楊應龍竟然誣陷張氏，將她砍死，並殺了她的全家。張氏的家人上疏告變，葉夢熊請求發兵討伐。楊應龍急忙趕到重慶自首，表示願意出兩萬銀子來贖罪。主審官不肯答應，楊應龍就主動請求去征討高麗的倭人。這次中途罷兵，朝廷特派都禦史王繼光巡撫四川。楊應龍怎肯再次上鉤？官軍一再追捕，他就聚眾抗拒，甚至殺死多名官軍。王繼光看不過去決定征討，隨即火速趕到重慶，與總兵劉承嗣、參將郭成等人，三路進軍，越過婁山關，來到白石口。楊應龍假裝投降，暗中卻招集苗兵襲破官兵大營。都司王之翰全軍覆沒，各路將士倉皇而逃。王繼光遭到這種挫折，職位自然不保，當下奉旨奪官，改任譚希思為四川巡撫，並調兵部侍郎邢玠總督貴州。邢玠命重慶太守王士琦前去宣諭，令楊應龍主動請罪。楊應龍身穿囚服在郊外迎接，將部下黃元、阿羔、阿苗等十二人一同獻上，並表示願意出四萬兩銀子贖罪，先將次子楊可棟作為人質，錢到之後再將他贖回來。王士琦回去後，將黃元等人斬首。