內官韓本用等人拿住莽漢之後，將他綁到東華門，由指揮朱雄收監。過了一晚，皇太子將事情上報，朝廷命巡城禦史劉廷元秉公審訊。劉廷元提出當場審問罪犯。那罪犯自稱是薊州人，姓張名差。除了這兩句之外，說話顛三倒四，無從查究。劉廷元看他瘋瘋癲癲，就再三誘供。他卻總是信口亂說，什麽吃齋，什麽討封，以至於問了好幾個時辰，都沒得到什麽有用的線索，惹得劉廷元厭煩起來，當即退了堂，奏請派人另審。
朝廷又派刑部郎中胡士相、嶽駿聲等人複審，張差似乎清醒了一點，供稱：“李自強、李萬倉等人燒了我的柴草，我氣憤難忍，就想到官府告狀。四月份我來到京城，從東門走進來，找不到路，就改往西走，遇見兩個男子，他們給了我一根棗木棍，說拿著這個可以申冤。我一時瘋迷，闖入宮中，打傷守門衛兵，走到前殿的時候就被抓住了。”這話說得模模糊糊，胡士相等人不得要領，難下斷詞，仍隻好照著劉廷元之前的奏折複旨。
當時葉向高因病告退，改用方從哲、吳道南為內閣大臣。二人資曆尚淺，威望不高，不敢多說什麽，就和刑部商議，準備依照宮裏以前的例子，將他斬首。這奏折還沒遞上去，提牢主事王之寀卻有新的線索上報。原來王之寀到獄中發放飯菜的時候，私下裏問張差到慈慶官鬧事的緣由。張差起初不肯承認，後來又說不敢說。王之寀讓左右退下，然後細細盤問。張差這才說：“我的小名叫張五兒。父親名叫張義，已經病故。最近馬三舅、李外父叫我按照一個不知姓名的老公公的吩咐行事，並約好事成之後給我田地。我就跟著他們來到北京，走到一座大宅子。然後一個老公公來了，他請我吃飯，還囑咐我說，你先衝進去，撞著一個殺一個，殺人也不礙事，我們定會救你。吃完飯後，他就帶著我從厚載門進到慈慶宮。守衛阻攔，被我擊傷。後來因為老公公太多，我就被抓住了。”王之寀知道“老公公”三個字是太監的通稱，要查也無從查起，於是問起馬三舅、李外父的名字以及大宅的住處。張差卻又開始答非所問、裝瘋賣傻。王之寀將獄錄詞寫出交給主審官，侍郎張達得知後就說：“張差既沒有瘋也不是狂，他有謀略有膽識。因為擔心受到刑罰而不肯招，欲言又止。請皇上親自審訊，或者派三司會審，一切自然水落石出。”戶部郎中陸大受以及禦史過庭訓接連上疏請求速斷，神宗都沒有回應。