懷宗用金瓶抓鬮的方法，得到錢龍錫、李標、來宗道、楊景辰、周道登、劉鴻訓六人之後，讓他們同時入閣。總以為是授之天命，人心所向，哪知來宗道、楊景辰二人卻是魏忠賢的餘黨。楊景辰曾經是《三朝要典》的次要負責人。剛剛上任，朝中大臣就已經議論紛紛，輪番參劾。懷宗這才將來、楊二人罷官。劉鴻訓向來憎恨閹黨，依次斥責楊維垣、李恒茂、楊所修、孫之獬、阮大铖等人，一時間人心大快。隻是閹黨的餘孽還沒有鏟除幹淨，他們對劉鴻訓恨之入骨。正巧惠安伯張慶臻總督京兵大營，任命的敕書中有“兼管巡捕大營”一句話，提督鄭其心說這違反舊例。懷宗也說敕書中本來沒有這句話，就到偏殿親自去問內閣大臣，閣臣們也都說不知道。禦史劉玉言說：“這件事情由劉鴻訓主使，兵部尚書王在晉以及中書舍人田佳璧共同舞弊。”懷宗便將劉鴻訓免職，謫戍代州，王在晉削官，田佳璧下獄。內閣大臣一下子免了三個，少不了又要推選。朝班列出吏部侍郎成基命、禮部侍郎錢謙益等十一人的名字，一同呈入。禮部尚書溫體仁與侍郎周延儒一心指望著成為宰輔，偏偏這次推選，二人均不在列，當下義憤填膺，立即將推選的十一個人吹毛求疵了一番。懷宗起了疑心，於是將這件事情擱置下來。
崇禎二年五月初一，欽天監預報有日食，誰知卻失驗，懷宗嚴責欽天監官。原來，中國曆代參照的還是相傳了數千年的唐堯舊製，漢、唐的時候，歲時、節氣以及日蝕、月蝕，已經相差了幾個時辰，甚至相差一兩天。後來，元太史郭守敬參考很多時曆書籍，編造了《授時新曆》，推算得比較精準，但中間的幾個刻數，還是有些錯誤，所以郭守敬的時候，就已經有日月當食不食、不當食反食的情況。一幫吹牛拍馬的元朝大臣，說日月當食不食，是皇帝、皇後昭德回天，反而非常慶幸。明太祖崛興之後，太史劉基呈上的《大統曆》，仍然是郭守敬的成書，以訛傳訛，自然有誤。夏官正戈豐據實相奏，將責任全部推卸給前人。吏部左侍郎徐光啟呈上曆法修正的十件事情，並請求參照西法，舉薦南京太仆寺少卿李之藻以及西洋人龍華民、鄧玉函等人。懷宗立即批準，命李之藻以及龍華民、鄧玉函入京，升徐光啟為禮部尚書，監督時曆局。中國任用西洋人，並采用西洋新法，就是從這裏開始的。