袁世凱丁母憂，朝廷奪情，隻給百日假期，到八月初九假期已到，次日他就上折銷假謝恩。袁世凱一複任，就赴黃河險工勘查。黃河淤積嚴重，山東段每年都出險情，今年有兩處決口，一再漫決。若不盡快合龍，一到十月，淩汛到來，則更無從措手。袁世凱調武衛右軍及先鋒隊數千人分赴兩地，嚴限兩月內合龍。他在河工上待了二十餘天，搶險、救災安排妥當才返回濟南。
當時《辛醜條約》已經簽訂，賠款四億五千萬兩，國人均一兩；分三十九年還清，本息高達九億八千萬兩。這筆巨款當然由各省理賠，山東分到的任務是每年賠款九十萬兩。這筆突然增加的支出如何辦理，朝廷要求各省必須切籌辦法。袁世凱與司道幕僚們商議，救急的辦法是成立籌款總局，專門負責整飭雜稅厘捐各事宜，並在地方設立分局，名頭是杜絕地方中飽侵蝕，其實是加大搜刮，與地方爭利。而長遠治本之策，則是舉辦自強新政。他在奏折中說：“國債永無了期，國勢更難自立。譬之重疾之人，血氣大虧，瘡癤遍體，不思服藥以培氣，徒恃剜肉以補瘡，瘡未合而肉已先消，疾日增而氣愈不固，一旦更為風寒所襲，遂至不複能支。為今之計，償債固屬急務，自強尤為要圖，必須統顧兼籌，始可勉為善圖。況東省強鄰逼處，鐵路縱橫，久已受製於人，不啻據我堂奧，尤當力籌防範，冀可隱杜侵陵。凡營伍、器械、學校、商務、製造各端，在在均關緊要，亟須因勢利導，逐漸振興。”
袁世凱的奏折深得慈禧的讚賞，很快軍機大臣得旨：籌辦極有條理，具見公忠，殊堪嘉尚。各省皆能如此認真，何難妥籌钜款？
朝廷自年初推行新政，頗有些動靜，袁世凱要求山東的新政必須走在全國前列。他丁憂期間，幾項新政一直在緊鑼密鼓地籌辦。九月二十四日一天，他連上兩折三片，全都事關山東新政。