袁世凱奉慶親王之命擬定練兵處的章程。他閉門謝客，先起草一個綱要，把最關鍵的東西理清楚，具體的細節和文字潤色則交給張一麐等文案人員去斟酌好了。
袁世凱擬定的章程綱要包括兩大部分：一部分是練兵處機構章程。按他的設計，練兵處設總理大臣一員，當然是奕劻；會辦大臣一員，他要設法確保自己出任；襄辦一員，十有八九是負責訓練京旗的鐵良出任，奕劻讓他參與商議練兵處成立事宜，大約就是此意，當然，朝廷也可能派一名兵部堂官兼差。三大員下麵，設提調一員，負責具體事宜的協調，他心中的人選是徐世昌，因此量體裁衣，對提調的要求特別說明要既善理文牘又懂兵事。
練兵處的辦事機構分為三司，即軍政司、軍令司、軍學司，三司都設正副使各一員。軍政司負責考察官兵，籌備軍需，下麵設考功科、搜討科、醫務科和法律科；軍令司負責運籌機宜，策劃防守，掌握用兵號令等機密事項，下設運籌科、向導科、測繪科、儲材科；軍學司負責各軍操法訓練，管理武備學堂，下麵又設編譯、訓練、教育三科。另外，甲午之戰後，大清水師名存實亡，並無專署管理，但畢竟也是一個重要軍種，因此在軍學司下又單設水師科，臨時負責水師的統籌、規劃。這三司的正副使，袁世凱的計劃是將北洋三傑王世珍、段祺瑞、馮國璋以及劉永慶等親信安排進去。
袁世凱同時還製定了《練兵處辦事簡要章程》，首先強調軍政命令的權威性。“嗣後提鎮以下各武職遇有頑抗號令，訓練不力，或狃於積習，紀律不嚴者，由臣處查明，先行撤差，一麵參奏懲辦。其有缺額蝕餉者，尤當從重治罪。”不僅可以懲處武職，對各省文職地方官員也有獎懲權，“倘地方督撫以下各文員，遇事掣肘，遷延貽誤，或別存意見，有意阻撓，均足敗壞戎政，即由臣處據實奏參。其有不分畛域，顧全大局，實心任事，竭力維持者，亦當隨時奏請獎勵”。