浙江省垣及大部分府縣的克複，使天京失去了重要屏障，更震動了太平天國的軍心。同治三年六月，曾國荃挖地道炸塌了一段城牆，攻進了金陵，太平軍大部分戰死，隻有忠王李秀成護衛著幼天王洪天貴福，一行兩千餘人換上清軍衣服，趁亂逃了出去。
曾國荃將金陵收複的消息以六百裏加急報告朝廷，隨後湖廣總督官文和兩江總督曾國藩聯銜做了一個較為詳細的奏報。本來金陵克複與湖廣總督關係不大，要換成別人或許早就單銜奏捷了。但曾國藩起草了稿子，派專差送到湖北，由湖廣總督官文拜發，給了他一個不小的人情——
臣等伏查洪逆倡亂粵西，於今十有五年，竊據金陵亦十二年，流毒海內，神人共憤。我朝武功之盛，進退越前古，屢次削平大難，灼耀史編，如嘉慶川楚之役，**僅及四省，淪陷不過十餘城。康熙三藩之役，**尚止十二省，淪陷亦第三百餘城。粵匪之亂，**竟及十六省，淪陷至六百餘城之多。而其中凶酋悍黨如李開芳守馮官屯，林啟榮守九江，葉芸來守安慶，皆堅忍不屈。
此次金陵城破，十餘萬賊無一降者，至聚眾自焚而不悔，實為古今罕見之劇寇。然卒能次第**平，芟除元惡，臣等深維其故，蓋由我文宗皇帝盛德宏謨，早裕戡亂之本，宮禁雖極檢嗇，而不惜巨餉以募戰士，名器雖極慎重，而不惜破格以獎有功，廟謨雖極精密，而不惜屈己以從將帥之謀，皇太後、皇上守此三者，悉循舊章，而加之去邪彌果，求賢彌廣，用能誅除僭偽，蔚成中興之業。
臣等忝竊兵符，遭逢際會，既慟我文宗不及目睹獻馘告成之日，又念生靈塗炭為時過久，唯當始終慎勉，掃**餘匪，以蘇子黎之困，而分宵旰之憂。
朝廷內外得知消息後都喜氣洋洋，慈禧讓軍機處把嘉獎上諭發至各督撫、將軍，讓天下人皆知這天大的喜訊和朝廷優待功臣之意。上諭是這樣的——