此時，新疆除伊犁外已經全部收複，戰事也基本結束。這一段時間，左宗棠一直忙著製定保案，為立功的將士請功。
此事一了後，左宗棠又深思熟慮，為新疆建省的事上奏朝廷。他曾在力主繼續西征的奏折中提出要把建省作為收複新疆之後長治久安的措施，但那次僅是一筆帶過，這次他則要詳細闡明緣由，並期望朝廷盡快采納他的意見。
其實，新疆早在漢代就已隸屬中國。乾隆年間，準噶爾叛亂，乾隆帝禦駕親征，於二十七年（公元1762年）平定叛亂。為了鞏固在新疆的統治，朝廷開始實行軍府製，設立總統伊犁等處將軍，統領新疆全境，下轄烏魯木齊都統及各城參讚大臣、辦事大臣、領兵大臣，分駐新疆各地，又根據不同情況實行不同的管理製度。
巴裏坤及烏魯木齊地區，接近內地，漢人較多，實行郡縣製，設立鎮西府和迪化州，各轄幾個縣，上設鎮迪道，隸屬於甘肅省；在南北疆遊牧地區和吐魯番、哈密等地，實行劄薩克製，由清政府所封的王公、貝勒、貝子、台吉進行世襲統治。在南疆農業區，則基本沿用原來的伯克製，各城設阿奇木伯克一員，下設各級伯克多人，分管各項事務，直接管理各族民眾。
起初，軍府製對穩定新疆十分有效，但後來問題越來越多，最主要的原因就是治兵之官多，理民之官少。無論將軍還是參讚、領兵等大臣，都是統兵之官，民政事務在他們眼裏往往無足輕重。而直接管理民政的是各級伯克，他們不但占有大量的土地，而且借官府的名義索取無度。實行劄薩克製的地方，王公、貝勒、台吉也好不到哪裏去。
當然，如果伊犁將軍及駐各地的大臣們能夠悉心籌劃，也不是說一無可為，可這些滿族貴族多是紈絝子弟，到新疆來就已經覺得吃了虧，所以比著貪汙腐化，隻知要糧要餉，不知理民為何事。當時伊犁將軍是全國最大的肥缺，“不貪不沾，一年百萬”的說法路人皆知。