中期拜占廷帝國探尋到一條適合拜占廷國家生存之道，故出現了近500年的上升期，期間經曆了伊拉克略時代（Heraclius，610-711年）、毀壞聖像運動時代（Iconoclasm，711-867年）、“黃金時代”（867-1056年）等三個階段，分別由伊拉克略王朝（610-711年）、伊蘇裏亞王朝（Isaurians，717-802年）、阿莫利王朝（Amorian，820-867年）和馬其頓王朝（Macedonian，867-1056年）進行統治。伊拉克略一世（Heraclius I）開始推行的軍區製（Themes）改革使拜占廷帝國地方統治機構全麵軍區化，社會組織軍事化，以此應對查士丁尼去世後拜占廷帝國麵臨的多種危機。這項涉及政治、軍事、經濟等各領域的社會改革，確立了一種適合拜占廷帝國生存的國家組織製度，因而能夠使拜占廷帝國此後經曆大約五個世紀的穩定和強盛。在這個時期最傑出的皇帝，如伊拉克略一世、利奧（Leo）和瓦西裏二世（Basil II）的努力下，拜占廷帝國逐漸進入其“黃金時代”，達到了拜占廷曆史發展的頂盛階段。
1、伊拉克略時代
伊拉克略王朝（610-711年）統治百餘年，共經六代皇帝，最傑出的皇帝是伊拉克略一世（610-641年在位）。該王朝統治時期，成功地推行了軍區製改革，加快了帝國社會組織的軍事化進程。由於拜占廷軍事和行政改革的順利進行，境內外恢複了安定局麵，小農經濟獲得較大發展，進而增強了帝國的財政和軍事實力。伊拉克略王朝憑借日益增強的國力，對入侵拜占廷帝國東部地區的波斯軍隊發動大規模軍事遠征，徹底擊敗宿敵波斯人，最終直搗波斯陪都泰西封，迫使波斯後任國王投降。
軍區製改革是一場有關軍事和行政製度的改革，由於這場改革以解決軍事問題為主、且最終普遍建立軍區，故被稱為軍區製改革。拜占廷帝國的軍區稱為“塞姆”，是由6世紀末拜占廷帝國“總督區”演變而來。查士丁尼時代曾經在北非的迦太基和意大利東部的拉文納兩個地區試行總督區製度，因為這兩個總督區遠離首都，是拜占廷中央政府控製西地中海霸權的立足點和重要的貿易港口。總督區實行的總督一元化領導管理形式有利於總督統一指揮,應付緊急軍務。盡管總督區仍然保持軍事、行政兩套管理機構，但是總督一人總覽大權有利於克服這些邊緣省區遠離中央政令遲緩的弊病，而總督作為軍事最高長官的管理模式為後來的軍區製改革奠定了成功的先例。出生於迦太基總督之家並在總督區長大的伊拉克略，首先在邊防局勢異常嚴峻的東部小亞細亞地區建立亞美尼亞（Armeniakon）和奧普西金（Opsikion）軍區。而後，該王朝其他皇帝又先後建立了基維萊奧冬（Cibyrraeots）、阿納多利亞（Anatorikon）軍區和色雷斯軍區。新建立的軍區具有兩個重要特點，其一是管理機構采取戰時體製,不僅軍、政權力由軍區最高首腦“將軍”控製,而且軍區的各級權力機構也按軍事建製設立,行政權力則附屬於軍事係統，這種軍政權力合一的舉措有效消除了管理中兩權相鬥互相掣肘的問題；其二是軍區製內形成了相對穩定的農兵階層,他們與小農並存，成為拜占廷帝國軍事的中堅力量和財政的主要來源,對於加強拜占廷國力,穩定形勢起了相當重要的作用。軍區製改革加速了拜占廷國家組織的軍事化，使之得以適應對外戰爭頻率不斷提高的新情況。