司馬遷編撰《史記》，首卷為《五帝本紀》，五帝之首是黃帝。司馬遷這樣做的理由，在該卷之末“太史公曰”中有所解釋：
學者多稱五帝，尚矣！然《尚書》獨載堯以來；而百家言黃帝，其文不雅馴，薦紳先生難言之。孔子所傳宰予問《五帝德》及《帝係姓》，儒者或不傳。……予觀《春秋》《國語》，其發明《五帝德》《帝係姓》章矣，顧弟弗深考，其所表見皆不虛。《書》缺有間矣，其軼乃時時見於他說。非好學深思，心知其意，固難為淺見寡聞道也。餘並論次，擇其言尤雅者，故著為本紀書首。[4]
司馬遷雖然承認五帝的事跡或者“難言”，或者“不傳”，或者內容“缺有間”，但是仍然堅持認為“其所表見皆不虛”，因此“擇其言尤雅者”為五帝撰寫了本紀。
在中華傳統文獻中，《史記》是影響最深遠的經典之一。但是，作為該書開篇的《五帝本紀》，由於所述對象時代久遠，其史料是否可信，在司馬遷之後成為長期爭論的問題。尤其自20世紀初以來，許多學者對《五帝本紀》提出質疑，其中黃帝更是受重點批判乃至被否定的對象。
不過，黃帝的影響甚為廣泛，早就超出史學討論的範疇。如今的黃帝，已經從神仙偶像與曆史人物之中超脫出來，升華成為中華民族人文初祖形象，是深入海內外人心的文化符號。因此，繼續討論黃帝形象的問題，仍然具有現實意義。作為人文初祖形象，是由黃帝的曆史人物形象放大與推廣而成的；而作為曆史人物的黃帝形象，則脫胎於上古傳說。所以，討論與黃帝相關的問題，又不得不回到原點，再議以往對於《五帝本紀》的批判。
深受西方史學熏陶的史學大師陸懋德先生是否定《五帝本紀》的代表，他認為：
司馬遷既非黃帝時人，而其作《史記》所述之黃帝事跡，又未說明材料出處，而並不見於上古記載，則其來源不明。最多亦隻是雜鈔周秦人傳說，自不能謂為原料。此因所謂原料者，本有同時代的人所留遺之義。《史記》於黃帝事跡，既未說明所用的是何人材料，吾人又焉知其所用者為同時代，或非同時代。[5]