盡管陸懋德、梁啟超和顧頡剛對於五帝的曆史存在的判斷都存在值得商榷之處，但是他們的相關言論已經形成為強大的衝擊力，誠如陸懋德先生所言，“三千年以前之堯舜禹者，其存在已受其影響”。豈止是“堯舜禹者”，堯之前的黃帝、顓頊與帝嚳更是不待而言了。受此強烈的衝擊，學術界對黃帝的質疑日趨多見，黃帝形象的“迷離”仿佛成為共識，否定《五帝本紀》的看法漸近於定論。這就終於導致，在現代一些研究中竟可以置中國上古曆史不顧而奢談黃帝形象的成因。例如，孫隆基先生就認為：
在中華文明被納入西方中心的邦國秩序之前，根本不會有“民族肇始者”的構想。[19]
他為此而論述道：
中國人好稱“黃帝子孫”，此種概念在中國自稱“天下”的大一統時代是不可能形成的。明清之際的王夫之提倡嚴夷夏之防，曾奉黃帝為華夏畛域之奠立者，清季的漢民族主義分子遂將黃帝轉化為民族始祖。黃帝崇拜的敘事，由古代、現代、本土、外來的因素編織而成，表麵上首尾一貫，其實是一個混合語，而且一首一尾都是舶來品。[20]
孫隆基先生不顧春秋戰國時代“黃帝故事的演變次序”，非但把黃帝始祖形象的成因推遲到明清以後，而且將黃帝歸結為“一首一尾都是舶來品”。如此極端的議論是難以令人接受的。
其實，不待眾多現代學者質疑，批判司馬遷者古已有之。南宋學問家黃震就曾直截了當地指責《五帝本紀》：
遷之紀五帝，自謂擇言之尤雅者著於篇，其存古之意厚矣。然黃帝殺蚩尤與以雲紀官，才一二事，若封禪事已不經，至顓頊、帝嚳紀，皆稱頌語，非有行事可考。唐、虞事雖頗詳，皆不過二典所已載。然則孔子定書，斷自唐、虞至矣，何求加為？[21]