司馬遷從眾多黃帝的集合中抽象出一尊處於虛實之間的曆史形象，其意義不僅限於如顧頡剛所說的要表示“曆史係統是從黃帝開始”的，而且更在於現實。司馬遷的目的是為西漢朝廷樹立一個理想的帝王樣板，以供當朝的漢武帝借鑒。對此，明末清初學問家李鄴嗣看得十分清楚，他指出：
太史公作《史記》，雖傳述古今，而嚐自以其意見於敘次中。至為帝王諸本紀，質敘而已。唯諸篇似無所致意，可無深考。餘獨三複之，謂史公稱《尚書》載堯以來，而今自黃帝始。蓋《黃帝本紀》，實太史公之諫書也！當與《封禪書》並讀，即可見矣。[46]
李鄴嗣認為，司馬遷往往通過“敘次”以貫徹自己的意圖，撰寫《史記》其實具有規諫當朝的用意，而《黃帝本紀》則是體現其針對現實的最重要篇章。要深刻理解這一點，就應該將《黃帝本紀》與《封禪書》“並讀”。
李鄴嗣的看法受到清末學者薛士學的闡發，他認為李鄴嗣將《黃帝本紀》視為諫書乃是得其要領的：
《史記》不載三皇之事，豈其才學有所不能哉？蓋子長之慨然懷古，而首稱黃帝，正為漢武辨其怪誕荒唐之無足信也，如此則方士神仙之言絀矣。秦始皇時，其以方技相幹者隻曰神仙，未聞遠言黃帝也。神仙之說，既無所驗於秦皇，則此輩亦自慮其不可再嚐於漢武，於是思以黃帝迎年（原文誤刻作“年”，據《封禪書》應作“日”——作者注）之術駕軼前人而上之，則其為術益尊，而學亦似本於古而可據。否則，僅以仙人居山澤而形貌甚臞，則是草衣木食之徒枯寂其身，推其所至，不過許由、巢父之所為玩世孤高而已，而巍巍人主之威嚴豈其耽此。故方士托言黃帝，以為是天子而聖人者也，以聖人天子而終之鑄鼎以作神仙，此真漢武之所甘心矣。史遷蓋曰，以臣所聞古黃帝何嚐若此，而朝廷方惑於其說，又不能執書策所當考信者而力爭之，則《史記》之首稱黃帝故闕三皇也。鄞人李鄴嗣以為太史公之諫書得其指矣。則夫孝武晚年之悔所雲天下豈有神仙者，安知不從讀史中來，而子長忠愛之思有以諷之乎。[47]