1900年，義和團運動掀起，八國聯軍入侵，慈禧一夥的賣國原形暴露無遺，章太炎受到震動，從維新夢中醒了過來。7月，在上海召開的“國會”上，他激烈反對“一麵排滿，一麵勤王”的模糊口號，而“宣言脫社，割辮與絕”。接著，他樹起反清的旗幟，開始向改良派展開鬥爭。1901年，在東京《國民報》發表《正仇滿論》，尖銳批判梁啟超：“梁子所悲痛者，革命耳；所悲痛於革命，而思以憲法易之者，為其聖明之主耳。”
1902年2月，章太炎再次被追捕，流亡日本。起初感到梁啟超“專以昌明文化自任，中山則急欲發難”，“中山欲以革命之名招之，必不可致”，從而因其“交嫌”，欲為“調和”[6]。接著，偕秦力山往謁孫中山，“自是始定交”[7]，“視聽始變”[8]。在孫中山的啟發下，他們共同商討“開國的典章製度”和中國的土地賦稅以至建都問題，《訄書》重印本的《相宅》和《定版籍》中，就記錄了他倆當時討論的情況。章太炎還在孫中山的讚助下，準備在東京舉行“支那亡國二百四十二年紀念會”，反對清朝的反動統治。
章太炎在政治上由改良轉入革命，思想上也用古文反對今文。
第一，對康有為等宣揚的今文“三統”“三世”說開始批判。過去，章太炎同情變法，也曾一度間采今文，這時卻嚴加抨擊了。他指出，“三統迭起，不能如循環；三世漸進，不能如推轂”，並正告“今文五經之家”，“信言不美，美言不信”[9]。對康有為等“世儒”，“喜言三世以明進化”，詆為“察《公羊》所說，則據亂、升平、太平於一代而已矣。禮俗革變，機器遷訛，誠弗能於一代盡之”[10]。批判了康有為等人的曆史循環論和庸俗進化論，對其基本理論加以“箴貶”。
第二，以孔子為“史家宗主”，宣揚古文經學的治學方法，想從前人思想材料中汲取營養。古文經學家是以孔子為史學家的，章太炎也說孔子“古良史也”，“孔子死，名實足以伉者，漢之劉歆”[11]，推崇孔子，推崇漢代古文經學的開創者劉歆。他“平日有修《中國通史》之誌”，1902年，曾與友人多次談及“修史”，說：“所貴乎通史者，固有二方麵：一方以發明社會政治進化衰微之原理為主，則於典誌見之；一方以鼓舞民氣，啟導方來為主，則亦必於紀傳見之。”[12]認為曆史不是單純的“褒貶人物，臚敘事狀”，而應“發明社會政治進化衰微之原理”；曆史不是頌古非今，引導人們向後看，而應“鼓舞民氣，啟導方來”，引導人們向前看。在他的《中國通史略例》中，既有《革命記》《光複記》，也有《洪秀全考紀》，承認劇烈的變革。準備“熔冶哲理，以祛逐末之陋；鉤汲眢深，以振墨守之惑”[13]。