《民報》封禁前後，章太炎和孫中山發生矛盾，此後，又和陶成章重組光複會，鬧派別糾紛，做了一些對革命不利的事。但是否可說章太炎已經背離同盟會宗旨，不主張革命了呢？也不能這麽說。
章太炎和孫中山的矛盾形成，發端於1907年，是為了《民報》的經費和續刊問題引起的。孫中山離日前，得到日本政府和股票商鈴木久五郎饋金一萬五千元，他以二千元留為《民報》維持費，餘款悉充軍費，遭到章太炎的反對。當時孫中山發動武裝起義，籌辦軍餉，需款孔殷，而《民報》經費確也困難。萍鄉之役以後，“《民報》已不能輸入內地，銷數減半，印刷、房飯之費，不足自資”。章太炎所謂“入社則饔飧已絕，人跡不存，……持此殘局，朝活文章，暮營懸費，複須酬對外賓，支柱警察，心力告瘁，寢食都忘”[17]，似屬實情。黃侃說：章太炎這時“寓廬至數月不舉火，日以百錢市麥餅自度，衣被三年不浣，困阨如此，而德操彌厲”[18]，也非虛語。吳玉章回憶：“《民報》正遭遇到極大的困難。由於經費不繼，章太炎等人幾乎有斷炊之虞。他派陶成章到南洋去募捐，也無結果，因南洋華僑與興中會關係較深，而與光複會素少聯係。因此章太炎罵孫中山先生不支持他辦《民報》。其實孫中山先生這時到處搞武裝起義都遭失敗，也很困難。章的埋怨徒然暴露了同盟會內部派係之間的裂痕。看到這種情形，我覺得孫中山先生既無過錯，而章太炎也可以原諒。”[19]這樣的評價是公允的。在孫中山離日後、《民報》封禁前，章、孫矛盾已經存在了，章太炎的埋怨，暴露了內部派係之間的裂痕，但還可原諒。
值得注意的是，章太炎還在主編《民報》，堅持出版，繼續文字宣傳，展開反清革命，“寢食都忘”“持此殘局”，並沒有向清政府妥協，也沒有向帝國主義乞憐。特別是《民報》封禁時，章太炎責讓日本內務大臣平田東助，揭露日、清勾結的陰謀，表示“不受權術籠絡”，不變“革命宗旨”，“若以威嚇利誘之故，而以《民報》之革命宗旨與滿洲政府所贈利益交換，本編輯人兼發行人寧為玉碎，不為瓦全”[20]。他還親蒞警廳，慷慨陳詞，不怕坐牢，高呼“革命無罪”[21]。這種精神，也很難能。