章太炎和孫中山矛盾的形成和發展，每每是在革命的重要階段或關鍵時刻。
章太炎在同盟會中鬧分裂、攻擊孫中山，是在全國革命運動日漸高漲，武裝鬥爭不斷展開的時候。它發端於1907年，是由於《民報》的經費和續刊問題引起的。當孫中山被日本政府驅逐出境時，從一萬五千元饋金中提出兩千元留作《民報》經費，餘款悉充軍費。當時《民報》經費確有困難，萍鄉之役以後，“《民報》已不能輸入內地，銷數減半，印刷、房飯之費，不足自資”；但孫中山發動武裝起義，經費更是困難，章太炎卻對此不能諒解，加以詰難。這時，同盟會組織多次武裝起義失敗，有些不堅定分子因此表現消極。孫中山離開日本後，“真是群龍無首，一盤散沙”[35]。1908年10月，《民報》被封禁，孫中山正在南洋各地加強同盟會的組織領導和籌辦軍餉，章太炎“屢以函致南洋，欲孫文有所接濟”，孫中山往返新加坡、暹羅間，策劃起義，也實無力顧及。陶成章到南洋籌款，受到同盟會的阻止，采取光複會的名義進行活動，形成分裂。在革命策略上，陶成章不滿於孫中山側重華南武裝鬥爭，主張“中央革命”，即在江浙或華北地區起義，章太炎則強調文字宣傳，續辦《民報》。然而，續辦《民報》的卻是汪精衛，章太炎益為不滿，作《偽民報檢舉狀》，責罵孫中山“背本忘約，見危不振”，甚至說是什麽“懷挾巨資”“幹沒可知”，“今精衛複偽作《民報》……思欲騰布南洋、美洲，借名捐募”，公開發表在《日華新報》上，並為新加坡保皇報《南洋總匯報》所轉載，影響極壞。孫中山所說：“陶之誌猶在巨款不得，乃行反噬；而章之欲則不過在數千不得，乃以罪人。陶乃以同盟會為中國，而章則以《民報》社為中國，以《民報》之編輯為彼一人萬世一係之帝統，故供應不周，則為莫大之罪。《民報》複刊，不以彼為編輯，則為偽《民報》。”[36]基本情況就是這樣。1910年初，光複會在東京成立總部，推章、陶為正副會長，在南洋和同盟會爭奪勢力，“駸駸有取同盟會而代之之勢”[37]，鬧派別糾紛。