一、“恤刑獄”的提出
清代監獄是羈押人犯的處所，而不是行刑的機關。《清史稿》雲：“監獄與刑製相消息，從前監羈罪犯，並無已決未決之分。其囚禁在獄，大都未決犯為多。既定罪，則笞、杖折責釋放，徒、流、軍、遣即日發配，久禁者斬、絞監候而已。”[88]州縣官對輕微刑事案件，可以以笞杖等刑處罰後了斷。盜案搶劫等重案處以徒流軍遣等刑罰，審轉複核後即刻執行，死罪人犯要等秋審後方能執行。所以，監獄成為關押候審候結的命盜搶劫等重罪犯人和相關人證的處所。在審訊中，州縣官往往以刑訊取得嫌疑人的口供。刑訊的形式，有鞭笞、掌嘴、拶指、壓踝、夾棍等。[89]一般而言，朝廷對州縣官審案是有期限的，延期不能結案要受到一定的處罰。[90]在這種情況下，為急於結案，“刑訊逼供”成為州縣官審案時的常態。乾隆時有禦史談到當時的刑獄狀況時說：
每有一案，人犯佐證未齊，或拘喚不至，或關解不前，有司又不上緊催提，以致經時累月囚係不釋者有之。又有事涉牽連，因人掛誤，有司不分輕重，概與正犯同監，遂有無辜受累濫被拘禁者有之。是以圜扉之內，常見充盈，屋既湫隘，人複眾多。當冬令收斂，尚可無虞，一至春暖氣升，潮濕熏蒸，汙穢騰發，釀疫致斃，不一而足。[91]
可見當時監獄不僅對犯人不分已決未決，還出於種種人為原因而無法立即判決，以致人滿為患，條件惡劣。許多監獄為防止犯人逃跑，還置有種種“非刑”[92]。所以“刑獄”又不是簡單的監獄問題，還涉及州縣官的司法審判、刑罰方式、監獄管理等各個方麵。
與監獄的黑暗並在的是，各地州縣羈押待質人證的非法班房、班館比比皆是。按照清律，大小問刑衙門設有監獄，但主要監禁重犯，其餘幹連並一應輕罪人犯，應令地保保候審理，如有官員擅設倉鋪所店等，私禁輕罪人犯，及至淹斃者，該督撫即行指參照律擬斷。[93]但是由於各州縣“經費向無正項支銷”，加以“經管向無責成處分”，各種理論上非法而實踐中卻“合法存在”的班房、班館卻難以禁絕。