庚子之後，中國政局發生巨變。用北洋元老張一麐的話說，“清之亡實亡於庚子而非亡於辛亥，八國聯軍之後，一切內政無不牽及外交，人必自侮而後人侮之，國必自伐而後人伐之，此定律也，不可逃也”[78]。張一麐的話說得太抽象，一般人弄不明白咋回事，還是著名的馬克思主義學者胡繩說得通俗易懂，他說庚子之後的清廷，是“洋人的朝廷”。[79]義和團排外事件發生後，引發八國聯軍侵華，慈禧太後偕同光緒皇帝逃往西安。自1900年8月15日慈禧太後一行逃離京城後，直至1902年1月，流亡西遷的清政府才回到北京城。[80]
慈禧太後在西狩的一年多的時間內，給中國內政外交造成了深遠的影響。在外交上，慈禧太後終於認識到她原來是上了清廷守舊派載漪、剛毅、趙舒翹等人的當，開始痛定思痛，決定變法改革，與列強交好。[81]於是，慈禧在1901年2月降旨革去載漪、毓賢、英年、趙舒翹、徐桐、啟秀等“拳亂禍首”的職務，並“賜死”。[82]同時，慈禧還在1901年1月29日，發表上諭，宣布要刷新政事，說：“現正議和，一切政事尤須切實整頓，以期漸進富強。取外國之長，補中國之短；懲前事之失，乃可作後事之師。”[83]當時，能改革的開明力量自然是袁世凱為首的北洋派。1901年底，李鴻章去世，袁世凱繼任直隸總督兼北洋大臣，從此擔當起清廷改革的重擔。辛醜之後，北洋派的崛起，是晚清政壇的一大變化。
盡管排外的保守派已被驅逐殆盡，但是慈禧太後在西狩期間又扶持了一個新的政治派別，此即“行在派”[84]，即隨同慈禧逃亡，一路鞍前馬後的扈從派。這一派的代表人物是瞿鴻禨、岑春煊等人。他們與留在北京負責維持秩序、與洋人交涉的慶親王奕劻、袁世凱等“留守派”，在政治上相互對立，形同水火。慈禧也有意利用這兩大政治派係的矛盾，居中操縱，以圖鞏固其皇族之權位。此時，改革是朝廷的共識，不容異議。問題是誰來執行清廷新政改革的領導權，北洋派和行在派各不相讓，都借“改革之名”，而行擴大本集團勢力之實。這兩派的鬥爭，至1907年丁未年時，其矛盾衝突達到不可調和的地步，這就是近代曆史上著名的丁未政潮。