在《長編》編輯過程中，根據新發現的資料或對舊史料重新解讀，使一些影響較大的有爭議問題得到澄清，並對一些已被視為定論的看法提出修正意見。例如：
1.興中會成立前後孫中山思想的主流問題。
這在史學界引起過長期討論，直到1985年3月涿縣孫中山研究述評國際討論會上，仍然是與會代表關注和爭論的中心議題之一。孫中山並非天生的革命者，在走上革命道路的曆程中，曾經受過各種愛國進步思想的影響。問題在於，孫中山究竟何時確立其共和革命的宗旨。有學者認為，1895年廣州起義時，孫中山還沒有共和革命的思想。盡管興中會誓詞中有“創立合眾政府”一語，但不夠明確，且係後來的回憶。同時還有不少記載說孫中山當時主張反滿複漢，直到起義失敗後亡走日本，才從日本報刊的報道中知道自己的造反行動是“革命”，於是乎恍然大悟。更有人依據1900年孫中山致劉學詢函中“主政一人，或稱總統，或稱帝王，弟決奉足下當之”的話，斷定孫中山至此共和革命的觀念主張仍在動搖之中。
《長編》征引了日本京都女子大學山本四郎教授發現的1895年3月4日、4月17日日本駐香港領事中川恒次郎致首相原敬的兩封信，這是中川關於孫中山來訪的報告，裏麵明確提到：孫文要在兩廣獨立，建立共和國，並於成功之後選舉總統。[1]這不僅澄清了漢語表述中“創立合眾政府”一語的含混，而且為研究者們重新審定已往的結論提供了第一手資料。引伸下來，既然是年3月孫中山已經懂得共和國、總統等概念，絕不至於像馮自由或陳少白所描繪的那樣，直到亡命日本時才知道自己的行動是革命。有幸得到孫中山抵神戶當天《神戶又新日報》有關報道的影印件，標題為《廣東暴徒巨魁之履曆及計畫》，而不是《支那革命黨首領孫逸仙抵日》[2]，也無“中國革命黨孫逸仙”字樣[3]，報道中甚至沒有“革命”二字，隻是將廣州起義做了極不準確的介紹。聯係到謝纘泰說廣州起義前“孫念念不忘革命”[4]，則孫中山對革命的認識並非偶然的頓悟。