講到孫中山與庚子勤王運動的關係，首先應注意興漢會在自立軍中的地位和作用。一般認為，到1900年春，興漢會事實上就消亡了。[2]而在此之前，兩湖哥老會已經倒向保皇會。因此，自立軍起義時，興漢會不再發生作用。興漢會由孫中山、畢永年等人發起，是興中會與兩湖聯係的重要組織形式。它的消亡，當然表明興中會在這一方麵的影響無形中止或大大削弱。隻是這種看法與史實明顯不符。
追根溯源，自立軍是孫中山與湖南維新派合作以謀大舉的結果。戊戌變法失敗後，1898年10月，唐才常、畢永年東渡日本，向流亡於此的康有為、梁啟超進言勤王舉義，爭取日本的援助。[3]經畢永年介紹，唐才常又與孫中山會晤，“對於湘、粵及長江沿岸各省之起兵策劃，有所商榷”。[4]11月24日，楊衢雲函告謝纘泰：“我們的計劃獲得成功，和湖南的維新派取得合作。……但由於自私妒忌的緣故，兩黨聯合可能有困難。”[5]前者指唐才常、畢永年等人，後者則指康、梁一派。畢永年本來主張激進，提倡種族思想，戊戌政變發生，自斷發辮，火其貢照，“示不複再隸於滿清之治下”。[6]到日本後，畢永年的反滿情緒激化，與康有為已生隔閡，而與孫中山結識，卻受到重視。11月中旬，他接到湖南急電，會黨起事在即[7]，欲歸國行動。平山周獲悉，以為湖南一隅發動不易成功，與同誌商議，希望暫緩其事。孫中山即請畢永年和平山周二人赴湖南視察會黨情形。[8]
畢永年、平山周視察的結果，認為維新勢力已經寂寞無足觀，而哥老會“必可為他日革命軍之一勢也”。[9]1899年2月，畢永年因事與康有為決裂[10]，回到日本向孫中山複命。孫中山得知湖南會黨的詳情，力主湘、鄂、粵同時大舉。是時唐才常再次東渡，與康、梁籌劃起兵勤王事宜，與孫中山籌商長江各省與閩粵合作之事。由於保皇會在海外聲勢浩大，唐才常不便與興中會合作，態度較前消極，經畢永年、平山周等多方斡旋，始訂殊途同歸之約。[11]為此，孫中山派畢永年返回國內，聯絡湖南會黨頭目。經過努力，畢永年於1899年9月率湖南會黨頭目赴香港，與陳少白等人商議合作辦法。在陳少白、宮崎寅藏等人的幫助下，10月上旬成立興漢會，公推孫中山為總會長。11月9日，宮崎寅藏和陳少白由香港抵達橫濱，向孫中山報告組成興漢會的情況，呈交會長印信。[12]